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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
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tpp001

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢积极交流 2010-03-23 08:54
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-22 12:08:19:


不知道，应该是有的吧。你去他的网站上看。

谢谢您的回复,这是论坛的网址
http://www.cse.scitech.ac.uk/disco/forums/ubbthreads.php
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
44楼2010-03-22 17:00:53
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 17:30:14:

就是怎么从MS文件生成DLPOLY文件的程序啊？什么语言的都成。

啊，其实我的体系也没有跑成功..我就是把ms生成的pdb 文件经过一系列的处理才生成CONFIG格式文件...其他的我都是自己手写的....没有固定的程序
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46楼2010-03-22 21:33:11
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tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-23 08:54
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 21:37:42:

吧你写的实例程序发到这里看看，大家学习学习。。。

program dlpolyinput
implicit none
integer i, numcoordinate, pbc, numatom
real, PARAMETER :: K=0
character *20 atomname, systemname
real x(200),y(200),z(200), lbox
open(20,file='CONFIG',status='unknown') !打开一个输出文件
open(1,file='input.txt',status='unknown')!打开文件，并读取
read(1,*) systemname
write(20,"(A80)" systemname
read(1,*) numcoordinate, pbc, numatom
write(20,"(I10,I10,I10)" numcoordinate, pbc, numatom
read(1,*) lbox
write(20,"(F20.3,F20.3,F20.3)" lbox, K, K
write(20,"(F20.3,F20.3,F20.3)" K, lbox, K
write(20,"(F20.3,F20.3,F20.3)" K, K, lbox
do i=1, 200
read(1,*)atomname,x(i),y(i),z(i)
write(20,"(A8,I10)" atomname, i
write(20,"(F20.3,F20.3,F20.3)"x(i), y(i) ,z(i)
end do
end
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49楼2010-03-22 22:18:53
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tpp001

金虫 (著名写手)

这是input格式..

★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-23 08:55
input-turn-config  
0         1       200
28.850
C1        -7.554        -6.98        -10.036
C2        -8.917        -7.191        -10.626
C2        -8.954        -8.558        -11.308
C2        -10.315        -8.796        -11.93
S14        -7.47        -5.332        -9.259
C1        1.742        -9.347        11.89
C2        2.961        -8.475        11.609
C2        3.55        -7.894        12.896
C2        4.758        -7.009        12.613
S14        1.068        -10.075        10.362
C1        0.999        -2.023        -3.01
C2        -0.235        -2.861        -3.327
C2        -0.654        -2.719        -4.793
C2        -1.898        -3.543        -5.105
S14        1.527        -2.224        -1.278
C1        12.82        8.949        -13.352
C2        12.856        10.457        -13.568
C2        11.448        11.052        -13.642
C2        11.484        12.558        -13.876
S14        14.495        8.247        -13.21
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50楼2010-03-22 22:20:00
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 22:40:45:

这列数据，应该是使用EXCEL分列形成的吧，在MS里面导出的PDB文件不是这样的。

恩,正确
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54楼2010-03-23 10:25:23
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金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-22 12:08:19:


不知道，应该是有的吧。你去他的网站上看。

不好意思,我这里还是有不少问题.....
现在我改用了3.09版本的,进行了一个npt的模拟,我的 体系是40个丁硫醇....  
我的体系运行出现下面错误...
------------------------------
DL_POLY_3 terminated due to error   445

error - r_14 > rcut in dihedrals_forces
--------------------------------
我把cutoff 加大(一直到盒子长的一半)还是不行....
下面是我 的control文件
integrator leapfrog verlet
temperature      300.00
pressure         0.001  
ensemble npt ber 0.2   0.2

steps               10000
multiple step         1
scale                10
print                50
stack               100
stats                10
traj             1000 100 0

timestep         0.0010
cutoff           9.5000
rvdw cutoff      9.5000
no electrostatics

job time              18000.00
close time            300.00
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55楼2010-03-23 13:04:22
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金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 14:10:23:
出现这个错误，是说你的r_14太大了，超过了总的短程力截断半径rcut。你要考虑是否可以把dihedral_force 力场里面的 1-4 distance 减小，如果无法减小，就增大rcut。如果Rcut也无法再大了，已经到了盒子的一半，那 ...

您好,为了找到我体系运行出错的原因,我用和以前一样的方法建立CONFIG,跑了一个包含100个水分子的纯水体系.在300k 1atm下.生成了HISTORY文件,我用WMD查看.
初始的100个水分子为下面形态:发现盒子边缘有些水分子的化学键断开了

运行结束后:发现有些水分子的化学键变的很长


我觉得可能是我的初始构型:就是建立CONFIG的方法不对. ....??
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57楼2010-03-25 15:55:14
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引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-25 19:29:06:

方法应该没有什么问题，有时候，一个小小的格式错误都会导致问题

不知道你用ms的pdb转化过来的config文件运行以后出现过这样的情况吗?望回复thanks
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59楼2010-03-25 20:57:54
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金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):即对于大于盒子边界的原子进行重新归一化 也就是减去或加上一个盒子长度 使得这些原子重新回到你的模拟盒子中 这样统计键长才是合理的 2010-03-27 22:18
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-25 21:32:27:
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？

我没懂这句话"计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换",您指的是什么情况下的计算,有点瞢?
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61楼2010-03-25 22:11:08
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引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-25 21:32:27:
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？

我运行test13用DL_POLY3.09也出现这样的情况如下图....不知道您有这样的情况吗?
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62楼2010-03-27 09:33:47
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