应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
422/5返回列表上一页12345下一页
查看: 4532  |  回复: 98
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

这个是我的OUTPUT文件

这个是我的OUTPUT文件

                    DL_POLY Version 2.20

                              Running on    8 nodes


************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
***************     TEST 28: SPC IceVII (432 Molecules) Optimisation                                     ***************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************


SIMULATION CONTROL PARAMETERS


structure optimisation requested
convergence to minimum force selected
tolerance for structure optimisation      1.0000E+00         

selected number of timesteps         1000

data printing interval                  1

data stacking interval                 10

statistics file interval                1

simulation timestep              1.0000E-03

real space cut off               7.0000E+00

border width of Verlet shell     5.0000E-01

Ewald sum  precision             1.0000E-06

Electrostatics : SPME  

Ewald convergence parameter      4.6582E-01
Ewald kmax1 kmax2 kmax3        32   32   32

tolerance for Quaternions        1.0000E-06

user allocated job time (s)      1.0000E+06

job closure time        (s)      1.0000E+02


SYSTEM SPECIFICATION

energy units=kjoule/mol


number of molecular types               2

molecular species type                  1


name of species:             butanethiol                             

number of molecules                    40

number of atoms/sites                   5


atomic characteristics:

                      site     name          mass        charge    repeat    freeze

                         1     C1          15.03500     0.00000         1         0
                         2     C2          14.02700     0.00000         1         0
                         3     C2          14.02700     0.00000         1         0
                         4     C2          14.02700     0.00000         1         0
                         5     S14         33.06800     0.00000         1         0

number of bond constraints              4


constraint bond details:

                          index     index  bondlength

                              1         2    1.540000
                              2         3    1.540000
                              3         4    1.540000
                              4         5    1.820000

number of bond angles                   3


bond angle details:

                            key     index     index     index     f-const       angle

                           harm         1         2         3  1.1440E+02    0.158000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
                           harm         2         3         4  1.1440E+02    0.158000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
                           harm         3         4         5  1.1440E+02    0.158000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

number of dihedral angles               2


dihedral angle details:

                            key     index     index     index     index     f-const       angle        trig    1-4 elec     1-4 vdw

                           cos          1         2         3         4  2.9500E+00   -0.567000    6.580000    0.500000    1.000000
                           cos          2         3         4         5  2.9500E+00   -0.567000    6.580000    0.500000    1.000000

molecular species type                  2


name of species:             Au38                                    

number of molecules                     1

number of atoms/sites                  38


atomic characteristics:

                      site     name          mass        charge    repeat    freeze

                         6     AU         196.96700     0.00000        38         0


number of specified pair potentials         9


                atom 1  atom 2      key                              parameters


                C1      C1        lj       8.14600E-01  3.75000E+00
                C2      C2        lj       3.82000E-01  3.95000E+00
                S14     S14       lj       1.04600E+00  4.45000E+00
                C1      C2        lj       5.58000E-01  3.85000E+00
                C1      S14       lj       9.23000E-01  4.10000E+00
                C1      AU        lj       1.79500E+00  4.45000E+00
                C2      S14       lj       6.33000E-01  4.20000E+00
                C2      AU        lj       1.79500E+00  4.45000E+00
                AU      S14       nm       3.86000E+01  8.00000E+00  4.00000E+00  2.90000E+00

  *** warning - undefined atom-atom interactions set to zero ***


number of specified metal potentials         1


                atom 1  atom 2      key                              parameters


                AU      AU        stch     4.69463E+01  4.08000E+00  1.00000E+01  8.00000E+00  3.44080E+01

  *** warning - undefined atom-atom interactions set to zero ***

configuration file name:

                                                                      Au38-thiol         


selected image convention               1


simulation cell vectors


                        35.840000    0.000000    0.000000
                         0.000000   35.840000    0.000000
                         0.000000    0.000000   35.840000


system volume            46036.6807040   


link cell algorithm in use

shared atoms from passcon                       0


total degrees of freedom                       551.
rotational degrees of freedom                    0.
shell pseudo degrees of freedom                  0.


sample of starting configuration

      i       x(i)        y(i)        z(i)       vx(i)       vy(i)       vz(i)


      1  1.4725E+01  1.0573E+01  1.7620E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     13  3.2710E+00  1.7302E+01  5.2790E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     25  1.4290E+00  1.1614E+01  5.3120E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     37  1.1157E+01 -1.3173E+01 -1.5555E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     49  1.2064E+01 -1.2706E+01  8.6210E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     61  6.9570E+00  1.5850E+01  9.3780E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     73  1.4269E+01  1.7418E+01 -1.1121E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     85  1.2471E+01 -1.0588E+01  5.1820E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
     97  9.6250E+00  5.8560E+00  1.2287E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    109  1.2437E+01  1.2298E+01  1.1195E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    121 -1.7651E+01 -1.5807E+01 -1.0785E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    133  3.3870E+00 -1.5945E+01  8.1170E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    145  1.5054E+01 -1.3971E+01  2.2880E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    157  1.0671E+01 -1.7654E+01 -1.5829E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    169  1.4096E+01  5.4060E+00  7.5920E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    181  2.7610E+00 -9.2800E+00 -5.9250E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    193  1.0987E+01  1.4076E+01  1.7615E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    205  1.5094E+01 -1.5158E+01  1.6476E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    217 -1.7107E+01 -1.6393E+01 -1.6068E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
    229  1.3097E+01 -1.5773E+01 -1.7342E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00


long range correction for: vdw energy    -0.464183E+03
                         : vdw pressure  -0.251509E+00


long range corrections for metal potentials

short range energy and virial corrections:   2.051455E+00  -2.051455E+01

density dependent energy and virial corrections

                         C1         0.000000E+00   0.000000E+00
                         C2         0.000000E+00   0.000000E+00
                         S14        0.000000E+00   0.000000E+00
                         AU         2.473048E+06   9.892194E+06

time elapsed since job start =           0.011 seconds

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

     step     eng_tot    temp_tot     eng_cfg     eng_vdw     eng_cou     eng_bnd     eng_ang     eng_dih     eng_tet
time(ps)      eng_pv    temp_rot     vir_cfg     vir_vdw     vir_cou     vir_bnd     vir_ang     vir_con     vir_tet
cpu  (s)      volume    temp_shl     eng_shl     vir_shl       alpha        beta       gamma     vir_pmf       press

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        1  2.2217E+06  0.0000E+00  2.2217E+06  2.2027E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.8649E+04  3.4684E+02  0.0000E+00
      0.0  1.2644E+07  0.0000E+00 -3.1266E+07 -3.1266E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.6  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.7100E+03

  rolling  2.2217E+06  0.0000E+00  2.2217E+06  2.2027E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.8649E+04  3.4684E+02  0.0000E+00
averages  1.2644E+07  0.0000E+00 -3.1266E+07 -3.1266E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.7100E+03
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        2  4.1766E+06  0.0000E+00  4.1766E+06  4.1628E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.3460E+04  2.7392E+02  0.0000E+00
      0.0  2.3445E+07  0.0000E+00 -5.7806E+07 -5.7806E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      1.2  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  6.8594E+03

  rolling  3.1991E+06  0.0000E+00  3.1991E+06  3.1828E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.6055E+04  3.1038E+02  0.0000E+00
averages  1.8044E+07  0.0000E+00 -4.4536E+07 -4.4536E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  5.2847E+03
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        3  2.5530E+07  0.0000E+00  2.5530E+07  2.5517E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.3095E+04  2.6794E+02  0.0000E+00
      0.0  1.2056E+08  0.0000E+00 -2.8510E+08 -2.8510E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      1.8  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.3830E+04

  rolling  1.0643E+07  0.0000E+00  1.0643E+07  1.0627E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5068E+04  2.9623E+02  0.0000E+00
averages  5.2218E+07  0.0000E+00 -1.2472E+08 -1.2472E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.4800E+04
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        4  2.3971E+08  0.0000E+00  2.3971E+08  2.3969E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  1.6848E+04  2.4599E+02  0.0000E+00
      0.0  1.0569E+09  0.0000E+00 -2.4517E+09 -2.4517E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      2.6  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  2.9092E+05

  rolling  6.7910E+07  0.0000E+00  6.7910E+07  6.7894E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5513E+04  2.8367E+02  0.0000E+00
averages  3.0340E+08  0.0000E+00 -7.0646E+08 -7.0646E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  8.3829E+04
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        5  2.2268E+08  0.0000E+00  2.2268E+08  2.2266E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5358E+04  2.2358E+02  0.0000E+00
      0.0  9.8226E+08  0.0000E+00 -2.2787E+09 -2.2787E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      3.2  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  2.7040E+05

  rolling  9.8863E+07  0.0000E+00  9.8863E+07  9.8847E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5482E+04  2.7165E+02  0.0000E+00
averages  4.3917E+08  0.0000E+00 -1.0209E+09 -1.0209E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.2114E+05
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
21楼2010-03-06 10:51:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangsongquan at 2010-03-07 21:34:10:
你的OUTPUT里为什么没有出错信息呢?

我也不清楚是怎么一回事情?我在超算中心运行以后就出现这样的问题......
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
26楼2010-03-08 10:10:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-08 10:10:34:

我也不清楚是怎么一回事情?我在超算中心运行以后就出现这样的问题......

你好下面的连接是我把我的config field control这3个文件都传上了,想让你帮忙看看有问题吗?或者在你的机器上运行一下,看看.....谢谢!!!!
http://d.namipan.com/d/507b9359d ... 0c97f9250c5bd0f0000
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
27楼2010-03-08 10:17:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-08 15:57:48:
注意你的OUTPUT文件中有两个warning.

*** warning - undefined atom-atom interactions set to zero ***
真对这个warning,我有个问题想请教一下,就是在FIELD中的
VDW n 这里n是vdw的pair potentials类型的个数把?不是总pair potential的数目把
同理. metal n也是把???

另外.不知道你有空吗,,想请您帮我运行一下我的体系,看看能否运行,我的输入文件在上面的连接中...因为当我运行dl_poly的例子的时候可以运行完全.可是我自己的体系就是不行..不知道是我软件机器的问题,还是我的文件的问题....

[ Last edited by tpp001 on 2010-3-9 at 16:25 ]
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
29楼2010-03-09 16:14:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-09 16:54:05:
是的，n 就是说你的这种类型的势有几个。其实它是为了读取方便，告诉程序往下读入n行metal势。我有空的时候可以帮你运行一下。

您好,真不好意思,一周过去了,我的问题还是没有解决.我想您能不能抽空帮忙运行看看,不用计算完了.就是看看能不能运行下去....望帮忙,谢谢!!
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
31楼2010-03-13 09:43:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-14 18:54:32:
你好。来信收到后我立即运行了你的作业。结果比你的还糟糕，只运行了三步。显示器上显示的错误是segmentation fault。不过这三步计算的数据结果与你前面给出的前三步是一样的。同时所有的输出变量都是在正常范围以 ...

非常感谢您的回复.问一个问题..
在FIELD文件中有这样一个单位选项
UNITS 手册中解释是Unit of energy used for input and output
而我在金属势能stch参数中有一个能量参数,它的单位是kJ/mol(文献查找的)....
我想问一下,那我在FIELD文件中的 UNITS是不是应该是kJ.....而不能是其他的???
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
34楼2010-03-15 15:05:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-15 20:00:25:
是的。这个你看手册就是了。你在文献上查到的参数，输入到DLPOLY时，其能量单位要和你的Units中设定的能量单位相同。但是这里有一个问题，就是你还使用了其它的力场。你其它的力场中的能量单位是什么？是不是需要 ...

您好,又有个问题请教你.
我想问一下:怎么样能显示查看初始的够型文件CONFIG.因为我的CONFIG文件是从MS中转过来的.我想看看是不是我在转换的过程中出了问题...谢谢
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
36楼2010-03-17 15:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-17 17:15:22:


这个CONFIG文件是个文本文件。你可以用任何文本编辑软件打开它。

哦,我的意思,怎么能用图形软件打开.
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
38楼2010-03-17 20:29:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 09:08:06:

兄弟，你有自己写的实例程序吗？让我看看？我还不知道这个程序怎么写？

什么程序啊?
回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
41楼2010-03-22 11:57:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-17 20:45:05:


我记得VMD好像可以打开DLPOLY的HISTORY文件。由于CONFIG和HISTORY文件很像的，大概也可以打开。另外还有一个软件叫GDIS似乎也可以。但我自己都没有用过。当然，最好还是自己把它写成PDB或者XYZ文件，这样，很 ...

不好意思又打扰您了,我想问一下,dl_poly用类似maillist这样的交流方式吗 ??
赞一下 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
42楼2010-03-22 11:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tpp001 的主题更新
422/5返回列表上一页12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭