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tpp001

金虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

1楼2010-01-24 16:25:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

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这个是我的OUTPUT文件

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                  DL_POLY Version 2.20

                           Running on 8 nodes

************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
***************    TEST 28: SPC IceVII (432 Molecules) Optimisation                                  ***************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************

SIMULATION CONTROL PARAMETERS

structure optimisation requested
convergence to minimum force selected
tolerance for structure optimisation    1.0000E+00

selected number of timesteps       1000

data printing interval                1

data stacking interval                10

statistics file interval             1

simulation timestep             1.0000E-03

real space cut off             7.0000E+00

border width of Verlet shell    5.0000E-01

Ewald sum  precision          1.0000E-06

Electrostatics : SPME

Ewald convergence parameter    4.6582E-01
Ewald kmax1 kmax2 kmax3       32 32 32

tolerance for Quaternions       1.0000E-06

user allocated job time (s)    1.0000E+06

job closure time       (s)    1.0000E+02

SYSTEM SPECIFICATION

energy units=kjoule/mol

number of molecular types             2

molecular species type                1

name of species:          butanethiol

number of molecules                   40

number of atoms/sites                5

atomic characteristics:

                  site    name       mass       charge repeat freeze

                     1    C1       15.03500    0.00000       1       0
                     2    C2       14.02700    0.00000       1       0
                     3    C2       14.02700    0.00000       1       0
                     4    C2       14.02700    0.00000       1       0
                     5    S14       33.06800    0.00000       1       0

number of bond constraints             4

constraint bond details:

                        index    index  bondlength

                           1       2 1.540000
                           2       3 1.540000
                           3       4 1.540000
                           4       5 1.820000

number of bond angles                3

bond angle details:

                        key    index    index    index    f-const    angle

                        harm       1       2       3  1.1440E+02 0.158000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
                        harm       2       3       4  1.1440E+02 0.158000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
                        harm       3       4       5  1.1440E+02 0.158000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000

number of dihedral angles             2

dihedral angle details:

                        key    index    index    index    index    f-const    angle       trig 1-4 elec    1-4 vdw

                        cos       1       2       3       4  2.9500E+00 -0.567000 6.580000 0.500000 1.000000
                        cos       2       3       4       5  2.9500E+00 -0.567000 6.580000 0.500000 1.000000

molecular species type                2

name of species:          Au38

number of molecules                   1

number of atoms/sites                38

atomic characteristics:

                  site    name       mass       charge repeat freeze

                     6    AU       196.96700    0.00000       38       0

number of specified pair potentials       9

            atom 1  atom 2    key                            parameters

            C1    C1       lj    8.14600E-01  3.75000E+00
            C2    C2       lj    3.82000E-01  3.95000E+00
            S14    S14    lj    1.04600E+00  4.45000E+00
            C1    C2       lj    5.58000E-01  3.85000E+00
            C1    S14    lj    9.23000E-01  4.10000E+00
            C1    AU       lj    1.79500E+00  4.45000E+00
            C2    S14    lj    6.33000E-01  4.20000E+00
            C2    AU       lj    1.79500E+00  4.45000E+00
            AU    S14    nm    3.86000E+01  8.00000E+00  4.00000E+00  2.90000E+00

  *** warning - undefined atom-atom interactions set to zero ***

number of specified metal potentials       1

            atom 1  atom 2    key                            parameters

            AU    AU       stch    4.69463E+01  4.08000E+00  1.00000E+01  8.00000E+00  3.44080E+01

  *** warning - undefined atom-atom interactions set to zero ***

configuration file name:

                                                                  Au38-thiol

selected image convention             1

simulation cell vectors

                     35.840000 0.000000 0.000000
                     0.000000 35.840000 0.000000
                     0.000000 0.000000 35.840000

system volume          46036.6807040

link cell algorithm in use

shared atoms from passcon                      0

total degrees of freedom                      551.
rotational degrees of freedom                   0.
shell pseudo degrees of freedom                0.

sample of starting configuration

   i    x(i)       y(i)       z(i)    vx(i)    vy(i)    vz(i)

   1  1.4725E+01  1.0573E+01  1.7620E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   13  3.2710E+00  1.7302E+01  5.2790E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   25  1.4290E+00  1.1614E+01  5.3120E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   37  1.1157E+01 -1.3173E+01 -1.5555E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   49  1.2064E+01 -1.2706E+01  8.6210E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   61  6.9570E+00  1.5850E+01  9.3780E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   73  1.4269E+01  1.7418E+01 -1.1121E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   85  1.2471E+01 -1.0588E+01  5.1820E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   97  9.6250E+00  5.8560E+00  1.2287E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
109  1.2437E+01  1.2298E+01  1.1195E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
121 -1.7651E+01 -1.5807E+01 -1.0785E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
133  3.3870E+00 -1.5945E+01  8.1170E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
145  1.5054E+01 -1.3971E+01  2.2880E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
157  1.0671E+01 -1.7654E+01 -1.5829E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
169  1.4096E+01  5.4060E+00  7.5920E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
181  2.7610E+00 -9.2800E+00 -5.9250E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
193  1.0987E+01  1.4076E+01  1.7615E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
205  1.5094E+01 -1.5158E+01  1.6476E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
217 -1.7107E+01 -1.6393E+01 -1.6068E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
229  1.3097E+01 -1.5773E+01 -1.7342E+01  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00

long range correction for: vdw energy -0.464183E+03
                     : vdw pressure  -0.251509E+00

long range corrections for metal potentials

short range energy and virial corrections: 2.051455E+00  -2.051455E+01

density dependent energy and virial corrections

                     C1       0.000000E+00 0.000000E+00
                     C2       0.000000E+00 0.000000E+00
                     S14       0.000000E+00 0.000000E+00
                     AU       2.473048E+06 9.892194E+06

time elapsed since job start =          0.011 seconds

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

   step    eng_tot temp_tot    eng_cfg    eng_vdw    eng_cou    eng_bnd    eng_ang    eng_dih    eng_tet
time(ps)    eng_pv temp_rot    vir_cfg    vir_vdw    vir_cou    vir_bnd    vir_ang    vir_con    vir_tet
cpu  (s)    volume temp_shl    eng_shl    vir_shl    alpha       beta    gamma    vir_pmf    press

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      1  2.2217E+06  0.0000E+00  2.2217E+06  2.2027E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.8649E+04  3.4684E+02  0.0000E+00
   0.0  1.2644E+07  0.0000E+00 -3.1266E+07 -3.1266E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   0.6  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.7100E+03

  rolling  2.2217E+06  0.0000E+00  2.2217E+06  2.2027E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.8649E+04  3.4684E+02  0.0000E+00
averages  1.2644E+07  0.0000E+00 -3.1266E+07 -3.1266E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.7100E+03
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      2  4.1766E+06  0.0000E+00  4.1766E+06  4.1628E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.3460E+04  2.7392E+02  0.0000E+00
   0.0  2.3445E+07  0.0000E+00 -5.7806E+07 -5.7806E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   1.2  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  6.8594E+03

  rolling  3.1991E+06  0.0000E+00  3.1991E+06  3.1828E+06  0.0000E+00  0.0000E+00  1.6055E+04  3.1038E+02  0.0000E+00
averages  1.8044E+07  0.0000E+00 -4.4536E+07 -4.4536E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  5.2847E+03
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      3  2.5530E+07  0.0000E+00  2.5530E+07  2.5517E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.3095E+04  2.6794E+02  0.0000E+00
   0.0  1.2056E+08  0.0000E+00 -2.8510E+08 -2.8510E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   1.8  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  3.3830E+04

  rolling  1.0643E+07  0.0000E+00  1.0643E+07  1.0627E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5068E+04  2.9623E+02  0.0000E+00
averages  5.2218E+07  0.0000E+00 -1.2472E+08 -1.2472E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.4800E+04
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      4  2.3971E+08  0.0000E+00  2.3971E+08  2.3969E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  1.6848E+04  2.4599E+02  0.0000E+00
   0.0  1.0569E+09  0.0000E+00 -2.4517E+09 -2.4517E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   2.6  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  2.9092E+05

  rolling  6.7910E+07  0.0000E+00  6.7910E+07  6.7894E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5513E+04  2.8367E+02  0.0000E+00
averages  3.0340E+08  0.0000E+00 -7.0646E+08 -7.0646E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  8.3829E+04
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      5  2.2268E+08  0.0000E+00  2.2268E+08  2.2266E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5358E+04  2.2358E+02  0.0000E+00
   0.0  9.8226E+08  0.0000E+00 -2.2787E+09 -2.2787E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   3.2  4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  2.7040E+05

  rolling  9.8863E+07  0.0000E+00  9.8863E+07  9.8847E+07  0.0000E+00  0.0000E+00  1.5482E+04  2.7165E+02  0.0000E+00
averages  4.3917E+08  0.0000E+00 -1.0209E+09 -1.0209E+09  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         4.6037E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.2114E+05
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

21楼2010-03-06 10:51:39

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老虎大王

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑，授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36

这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

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2楼2010-01-24 16:53:03

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tpp001

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引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

3楼2010-01-24 20:21:22

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老虎大王

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29

难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。

Config文件如何生成，手册上讲得非常之详细，你自己试着下手弄一下，哪里不懂可以提问，这样好一些，也学得比较快。关键是要动手啊。

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4楼2010-01-25 09:45:24

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