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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑，授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。
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2楼2010-01-24 16:53:03
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29
难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。

Config文件如何生成，手册上讲得非常之详细，你自己试着下手弄一下，哪里不懂可以提问，这样好一些，也学得比较快。关键是要动手啊。
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4楼2010-01-25 09:45:24
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 1-25 11:36
1. 自己编程，按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围，也许程序会自己变成这个样，我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。
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6楼2010-01-25 11:30:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4):谢谢 1-25 20:38
1.可行。
2.DLPOLY提供的有一些例子，请自行下载。relaxation的方法很多，你要先确定自己想怎么搞，然后考虑怎样把它写成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么几条，反复阅读一下自然会懂。
3.jobtime跟你的模拟体系的大小、模拟时间的长程以及CPU的快慢有关。尽量搞大一些就是了。你做过几次，有经验了，就可以自己定。这个参数什么也不影响，可以尽量搞大一些。
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8楼2010-01-25 18:45:53
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2):谢谢 1-26 09:04
jobtime和closetime,单位是秒。这个时间是真实的时间，就是你计算机运行的时间。这两个命令控制的是你计算机的作业时间。就是说你打算用多少机时来搞这个计算。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-1-26 at 08:03 ]
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10楼2010-01-26 08:02:29
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-01-28 10:35
老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个“1”字就是要占10列宽度，也就是要写在第18列以前。留几个空格不是问题。同时你也应该读到，这个“1"，也就是原子的Index，它并不是必须的，写不写都行。

B。natoms其实不是必须的。这个你要自己验证，你运行一个例子，运行两遍，胡乱改一下这个数字，看看结果是否相同。呵呵。其实，这个原子数目是在FIELD文件中定义的。这个地方胡填一个也不影响大局，就好像你前面问的engcfg这个变量一样。当然我建议你认真把能准确写出的数据都给它填好。
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12楼2010-01-28 10:20:35
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-02-01 22:11
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比较深的理解了。先按你的想法，另外再改写一下ＣＯＮＦＩＧ，各运行两三步，看结果一样不一样。
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14楼2010-02-01 21:05:39
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-06 20:04
是的，没有运行完。只走了五步。原因不详。
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22楼2010-03-06 19:08:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 17:07
注意你的OUTPUT文件中有两个warning.
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28楼2010-03-08 15:57:48
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢交流 2010-03-09 16:57
是的，n 就是说你的这种类型的势有几个。其实它是为了读取方便，告诉程序往下读入n行metal势。我有空的时候可以帮你运行一下。
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30楼2010-03-09 16:54:05
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