应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
242/3返回列表上一页123下一页
查看: 4533  |  回复: 98
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-14 12:58
实在不好意思，你的文件，我在纳米盘上下载，不知道为什么下不下来。我下别的东西也这样。你要是很急的话，可以发到我的邮箱里 hhhyyy222@163.com。我可以帮你运行一下，但是你也不要报太大的希望，我对你的体系不熟悉，不一定能帮上你。
赞一下(2人) 回复此楼
32楼2010-03-13 20:59:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-14 19:34
你好。来信收到后我立即运行了你的作业。结果比你的还糟糕，只运行了三步。显示器上显示的错误是segmentation fault。不过这三步计算的数据结果与你前面给出的前三步是一样的。同时所有的输出变量都是在正常范围以内的。我实在看不出哪里有异常。另外注意到你是用的构型优化计算，我改了一下，直接在300K下运行Nve Md，结果一步也没有走，提示出现了105号错误，即shake算法不收敛。

我对你计算的体系和力场不怎么熟悉，以我粗浅的经验认为，问题一般不外乎出现在力场和初始构型上。你的初始构型有没有用分子图象程序比如VMD之类看过？有没有问题？你的力场是从哪里来的？单位有没有弄错？

如果你是初学，我倒建议你先重复一下别人的工作，找一篇体系和你近拟，报道比较详细的文献，用DLPOLY把人家的工作做一次，看看结果是不是和人家一样，然后照猫画虎再弄你自己的东西，起码可以保证你对程序的输入输出的理解是正确的。
赞一下(2人) 回复此楼
33楼2010-03-14 18:54:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 20:02
是的。这个你看手册就是了。你在文献上查到的参数，输入到DLPOLY时，其能量单位要和你的Units中设定的能量单位相同。但是这里有一个问题，就是你还使用了其它的力场。你其它的力场中的能量单位是什么？是不是需要换算？这个要注意能量单位的统一。
赞一下(2人) 回复此楼
35楼2010-03-15 20:00:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-17 17:41
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-17 15:06:14:

您好,又有个问题请教你.
我想问一下:怎么样能显示查看初始的够型文件CONFIG.因为我的CONFIG文件是从MS中转过来的.我想看看是不是我在转换的过程中出了问题...谢谢

这个CONFIG文件是个文本文件。你可以用任何文本编辑软件打开它。
赞一下(2人) 回复此楼
37楼2010-03-17 17:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-17 22:20
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-17 20:29:21:

哦,我的意思,怎么能用图形软件打开.

我记得VMD好像可以打开DLPOLY的HISTORY文件。由于CONFIG和HISTORY文件很像的，大概也可以打开。另外还有一个软件叫GDIS似乎也可以。但我自己都没有用过。当然，最好还是自己把它写成PDB或者XYZ文件，这样，很多软件都可以用来看图了。
赞一下(2人) 回复此楼
39楼2010-03-17 20:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-22 12:21
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 11:58:42:

不好意思又打扰您了,我想问一下,dl_poly用类似maillist这样的交流方式吗 ??

不知道，应该是有的吧。你去他的网站上看。
赞一下(2人) 回复此楼
43楼2010-03-22 12:08:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-23 15:19
出现这个错误，是说你的r_14太大了，超过了总的短程力截断半径rcut。你要考虑是否可以把dihedral_force 力场里面的 1-4 distance 减小，如果无法减小，就增大rcut。如果Rcut也无法再大了，已经到了盒子的一半，那么我建议你增大盒子，也就是多算一些分子。当然这一切都是在你没有其它错误的前提之下。其实你首先要仔细检查一下你的势参数的设置是否正确。
赞一下(2人) 回复此楼
56楼2010-03-23 14:10:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-27 22:17
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？
赞一下(2人) 回复此楼
60楼2010-03-25 21:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-27 22:18
晕。我是说，你的键长是怎么算的？有没有用周期性边界条件？
赞一下(1人) 回复此楼
63楼2010-03-27 13:28:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):呵呵 虎兄耐心很好啊 2010-03-27 22:19
是这样的，比如你图中最右边的原子，与它成键的有可能是最左边的原子，因为这两个原子之间的距离在周期性边界条件下是很近的。你输入的构型肯定是所有成键原子都在一起的，但是运行了MD之后，有的分子内的部分原子跑到了盒子的对面，但成键关系是不变的。
你的图我没有看清楚，但我怀疑你是不是没有考虑这个，只是量取了原子间的绝对距离？
赞一下(2人) 回复此楼
65楼2010-03-27 17:55:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tpp001 的主题更新
242/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭