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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助高手看看这个DL_POLY的FIELD文件有什么问题
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feverforce

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助高手看看这个DL_POLY的FIELD文件有什么问题

FIELD内容如下：
ZEOLITE  ZSM5 (SILICALITE) SAUER MODEL (SANS SHELL) + BENZENE
UNITS KJ
MOLECULES 2
ZEOLITE  ZSM5 (SILICALITE)
NUMMOLS 1
ATOMS 288
Si           28.0855       4.000   96    0
O            15.9994      -2.000  192    0
FINISH
BENZENE
NUMMOLS 1
ATOMS 12
C            12.0000      -0.075    6    0
H              1.008      +0.075    6    0
RIGID  1
   12    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12
FINISH
VDW  5
Si      Si      buck        0.00    0.30017
O       O       buck        0.00    0.30017
Si      O       buck   149643.89    0.30017
C       O       12-6     1.335E6     1807.0
H       O       12-6     1.599E5      510.8
TBP  1
O       Si      O       SHRM     17.7504  109.4666667     0.32769     0.32769        2.0
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运行总是说“error - end of FIELD file encountered”，我是新手看不出有啥问题，想向各位大牛求助//bow
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1楼 2011-05-26 14:32:24
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
feverforce(金币+1): 谢谢交流 2011-05-26 20:17:36
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-05-26 22:45:51
这好像是DL_POLY tutorial里面的一个case。出现这个错误的原因一般是由于你CONFIG文件里各原子坐标的顺序与FIELD文件里定义的不匹配。把你的CONFIG贴出来看看。
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2楼2011-05-26 16:48:48
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feverforce

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-05-26 16:48:48:
这好像是DL_POLY tutorial里面的一个case。出现这个错误的原因一般是由于你CONFIG文件里各原子坐标的顺序与FIELD文件里定义的不匹配。把你的CONFIG贴出来看看。

嗯，这个是TEST6里面的，CONFIG里面原子出现的顺序也是Si, O, C, H
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3楼2011-05-26 20:16:57
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
feverforce(金币+2): 2011-05-26 21:52:57
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-26 22:46:06
我看着没什么问题，在我这里用DLPOLY 2.20运行是正常的。附件中是输入文件和结果。
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4楼2011-05-26 20:50:18
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feverforce

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-05-26 20:50:18:
我看着没什么问题，在我这里用DLPOLY 2.20运行是正常的。附件中是输入文件和结果。

谢谢您的耐心，我用的是DL_POLY 4.01.1，难道是版本的问题？我测试TEST9是可以运行的……
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5楼2011-05-26 21:52:36
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-26 22:46:15
feverforce(金币+2): 2011-05-26 23:10:51
DL_POLY 4好像还不支持rigid body算法，如果你的体系不是特别大，还是建议使用DL_POLY 2。
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6楼2011-05-26 22:38:30
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feverforce

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-05-26 22:38:30:
DL_POLY 4好像还不支持rigid body算法，如果你的体系不是特别大，还是建议使用DL_POLY 2。

嗯，谢谢你的建议~
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7楼2011-05-26 23:10:40
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-05-26 20:50:18:
我看着没什么问题，在我这里用DLPOLY 2.20运行是正常的。附件中是输入文件和结果。

Si      Si      BUCK        0.00    0.30017

关于这键势能这句。
我想问下，按照手册的说法，buck模型应该是三参数的，A, C ,rho,为什么这个例子里只给了两个变量的值。我是新手，请大侠指教
赞一下 回复此楼
MOFs
8楼2011-07-15 10:38:28
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-07-15 22:56:09
引用回帖:
Originally posted by huanghl2010 at 2011-07-15 10:38:28:
Si      Si      BUCK        0.00    0.30017

关于这键势能这句。
我想问下，按照手册的说法，buck模型应该是三参数的，A, C ,rho,为什么这个例子里只给了两个变量的值。我是新手，请大侠指教

buck模型是有三个参数，在FIELD中对应的顺序为A，rho，C。这行语句中没有写C，C的值便设为0。
这个例子中作者对沸石骨架使用的力场模型是由J. Sauer组提出来的。他们的模型中便忽略了Buckingham势中的 -C r^(-6)项。你可以看下这个力场的原始文献：J. Phys. Chem. 1996, 100, 11043-11049
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9楼2011-07-15 15:19:54
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by winterz at 2011-07-15 15:19:54:
buck模型是有三个参数，在FIELD中对应的顺序为A，rho，C。这行语句中没有写C，C的值便设为0。
这个例子中作者对沸石骨架使用的力场模型是由J. Sauer组提出来的。他们的模型中便忽略了Buckingham势中的 -C r^( ...

谢谢您啊
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MOFs
10楼2011-07-15 16:35:20
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