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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-09 16:54:05:
是的，n 就是说你的这种类型的势有几个。其实它是为了读取方便，告诉程序往下读入n行metal势。我有空的时候可以帮你运行一下。

您好,真不好意思,一周过去了,我的问题还是没有解决.我想您能不能抽空帮忙运行看看,不用计算完了.就是看看能不能运行下去....望帮忙,谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
31楼2010-03-13 09:43:40
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-14 12:58
实在不好意思，你的文件，我在纳米盘上下载，不知道为什么下不下来。我下别的东西也这样。你要是很急的话，可以发到我的邮箱里 hhhyyy222@163.com。我可以帮你运行一下，但是你也不要报太大的希望，我对你的体系不熟悉，不一定能帮上你。
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32楼2010-03-13 20:59:01
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-14 19:34
你好。来信收到后我立即运行了你的作业。结果比你的还糟糕，只运行了三步。显示器上显示的错误是segmentation fault。不过这三步计算的数据结果与你前面给出的前三步是一样的。同时所有的输出变量都是在正常范围以内的。我实在看不出哪里有异常。另外注意到你是用的构型优化计算，我改了一下，直接在300K下运行Nve Md，结果一步也没有走，提示出现了105号错误，即shake算法不收敛。

我对你计算的体系和力场不怎么熟悉，以我粗浅的经验认为，问题一般不外乎出现在力场和初始构型上。你的初始构型有没有用分子图象程序比如VMD之类看过？有没有问题？你的力场是从哪里来的？单位有没有弄错？

如果你是初学，我倒建议你先重复一下别人的工作，找一篇体系和你近拟，报道比较详细的文献，用DLPOLY把人家的工作做一次，看看结果是不是和人家一样，然后照猫画虎再弄你自己的东西，起码可以保证你对程序的输入输出的理解是正确的。
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33楼2010-03-14 18:54:32
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-14 18:54:32:
你好。来信收到后我立即运行了你的作业。结果比你的还糟糕，只运行了三步。显示器上显示的错误是segmentation fault。不过这三步计算的数据结果与你前面给出的前三步是一样的。同时所有的输出变量都是在正常范围以 ...

非常感谢您的回复.问一个问题..
在FIELD文件中有这样一个单位选项
UNITS 手册中解释是Unit of energy used for input and output
而我在金属势能stch参数中有一个能量参数,它的单位是kJ/mol(文献查找的)....
我想问一下,那我在FIELD文件中的 UNITS是不是应该是kJ.....而不能是其他的???
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34楼2010-03-15 15:05:16
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 20:02
是的。这个你看手册就是了。你在文献上查到的参数，输入到DLPOLY时，其能量单位要和你的Units中设定的能量单位相同。但是这里有一个问题，就是你还使用了其它的力场。你其它的力场中的能量单位是什么？是不是需要换算？这个要注意能量单位的统一。
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35楼2010-03-15 20:00:25
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-15 20:00:25:
是的。这个你看手册就是了。你在文献上查到的参数，输入到DLPOLY时，其能量单位要和你的Units中设定的能量单位相同。但是这里有一个问题，就是你还使用了其它的力场。你其它的力场中的能量单位是什么？是不是需要 ...

您好,又有个问题请教你.
我想问一下:怎么样能显示查看初始的够型文件CONFIG.因为我的CONFIG文件是从MS中转过来的.我想看看是不是我在转换的过程中出了问题...谢谢
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36楼2010-03-17 15:06:14
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-17 17:41
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-17 15:06:14:

您好,又有个问题请教你.
我想问一下:怎么样能显示查看初始的够型文件CONFIG.因为我的CONFIG文件是从MS中转过来的.我想看看是不是我在转换的过程中出了问题...谢谢

这个CONFIG文件是个文本文件。你可以用任何文本编辑软件打开它。
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37楼2010-03-17 17:15:22
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-17 17:15:22:


这个CONFIG文件是个文本文件。你可以用任何文本编辑软件打开它。

哦,我的意思,怎么能用图形软件打开.
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38楼2010-03-17 20:29:21
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-17 22:20
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-17 20:29:21:

哦,我的意思,怎么能用图形软件打开.

我记得VMD好像可以打开DLPOLY的HISTORY文件。由于CONFIG和HISTORY文件很像的，大概也可以打开。另外还有一个软件叫GDIS似乎也可以。但我自己都没有用过。当然，最好还是自己把它写成PDB或者XYZ文件，这样，很多软件都可以用来看图了。
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39楼2010-03-17 20:45:05
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-17 20:45:05:


我记得VMD好像可以打开DLPOLY的HISTORY文件。由于CONFIG和HISTORY文件很像的，大概也可以打开。另外还有一个软件叫GDIS似乎也可以。但我自己都没有用过。当然，最好还是自己把它写成PDB或者XYZ文件，这样，很 ...

兄弟，你有自己写的实例程序吗？让我看看？我还不知道这个程序怎么写？
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好好学习，天天向上。
40楼2010-03-22 09:08:06
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