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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):即对于大于盒子边界的原子进行重新归一化 也就是减去或加上一个盒子长度 使得这些原子重新回到你的模拟盒子中 这样统计键长才是合理的 2010-03-27 22:18
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-25 21:32:27:
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？

我没懂这句话"计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换",您指的是什么情况下的计算,有点瞢?
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
61楼2010-03-25 22:11:08
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-25 21:32:27:
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？

我运行test13用DL_POLY3.09也出现这样的情况如下图....不知道您有这样的情况吗?
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
62楼2010-03-27 09:33:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-27 22:18
晕。我是说，你的键长是怎么算的？有没有用周期性边界条件？
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63楼2010-03-27 13:28:04
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-27 13:28:04:
晕。我是说，你的键长是怎么算的？有没有用周期性边界条件？

分子的键长,我都是用gaussian优化的生成了mol文件,在导入MS中,用模块Amorphous Cell建立模型的...,这个键长,应该没有周期性边界条件把??
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64楼2010-03-27 14:33:36
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):呵呵 虎兄耐心很好啊 2010-03-27 22:19
是这样的，比如你图中最右边的原子，与它成键的有可能是最左边的原子，因为这两个原子之间的距离在周期性边界条件下是很近的。你输入的构型肯定是所有成键原子都在一起的，但是运行了MD之后，有的分子内的部分原子跑到了盒子的对面，但成键关系是不变的。
你的图我没有看清楚，但我怀疑你是不是没有考虑这个，只是量取了原子间的绝对距离？
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65楼2010-03-27 17:55:02
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-27 17:55:02:
是这样的，比如你图中最右边的原子，与它成键的有可能是最左边的原子，因为这两个原子之间的距离在周期性边界条件下是很近的。你输入的构型肯定是所有成键原子都在一起的，但是运行了MD之后，有的分子内的部分原子 ...

您好,我的体系是40个正丁硫醇体系,用dl_poly3.09版本,已经运行了100步停止了,出现这样的错误提示:
error - r_14 > rcut in dihedrals_forces
我的CONTROL是这样的

DL_POLY TEST CASE
integrator leapfrog verlet
temperature      300.00
pressure         0.0000
ensemble nvt berendesen 0.1
no index
steps               10000
multiple step         1
scale                10
print                50
stack               100
stats                10
traj             1000 100 0
densvar          30
timestep         0.00010
cutoff           12.0000
delr width       1.0000
rvdw cutoff      10.0000
no electrostatics
quaternion tolerance  1.0E-5
job time              18000.00
close time            300.00
finish
然后我就根据error提示,把cutoff改为13.000
可是出现这样的错误提示:
error - wrongly indexed atom entries found in CONFIG file
我检查CONFIG没有错误啊....
望能给些意见,谢谢!!
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66楼2010-04-01 10:21:54
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tpp001

金虫 (著名写手)

这是我运行了100步停止的输出文件''''''''''''

这是我运行了100步停止的输出文件..........

**************  stfc/ccp5  program library package
                 daresbury   laboratory   molecular
D L _ P O L Y   dynamics program for large systems
                 authors:   i.t.todorov  &  w.smith
**************  version 3.09.4  /   september 2008

**************  Execution on      8 node(s) ******

node/domain decomposition (x,y,z):      2     2     2

link-cell decomposition 1 (x,y,z):      1     1     1

warning issued    100

*** warning - employed link cell algorithm has a link cell dimension is < 4 !!! ***
*** DL_POLY_3 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! ***


**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
************************     DL_POLY TEST CASE 2: Al with Sutton-Chen potential                           ************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************


SIMULATION CONTROL PARAMETERS

simulation temperature (K)          3.0000E+02

simulation pressure (katms)         0.0000E+00

Integration : Leapfrog Verlet
Ensemble : NVT Berendsen
thermostat relaxation time (ps)     1.0000E-01

no index (reading in CONFIG) option on

selected number of timesteps        10000

warning issued     36

*** warning - DL_POLY_2 directive 'mult(iple timestep)' defaulted to ***
*** DL_POLY_3 'infrequent k-space SPME evaluation' directive ***


temperature scaling on (during equilibration)
temperature scaling interval           10

data printing interval                 50

data stacking interval                100

statistics file interval               10

trajectory file option on  
trajectory file start                1000
trajectory file interval              100
trajectory file info key                0

density variation allowance (%)     3.0000E+01

real space cutoff (Ang)             1.3000E+01

warning issued     35

*** warning - redundant directive delr ignored ***


vdw cutoff (Ang)                    1.0000E+01

warning issued     33

*** warning - redundant directive quaternion ignored ***


user allocated job time (s)         1.8000E+04

job closure time        (s)         3.0000E+02

clean start requested

Electrostatics switched off!!!

fixed simulation timestep (ps)      1.0000E-04

data dumping interval                1000


SYSTEM SPECIFICATION

energy units = kJ/mol


number of molecular types               1


molecular species type                  1

name of species:             butanethiol                             

number of molecules                    40

number of atoms/sites                   5

atomic characteristics:

               site     name            mass         charge      repeat      freeze

                  1    C1            15.035000       0.000000         1         0
                  2    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  3    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  4    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  5    S14           33.068000       0.000000         1         0


number of chemical bonds                4

chemical bond details:

                  unit     key     index     index                            parameters

                     1    harm         1         2    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     2    harm         2         3    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     3    harm         3         4    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     4    harm         4         5    500000.000000       1.820000       0.000000       0.000000


number of bond angles                   3

bond angle details:

                  unit     key     index     index     index       f-const        angle

                     1    harm         1         2         3       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000
                     2    harm         2         3         4       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000
                     3    harm         3         4         5       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000


number of dihedral angles               2

dihedral angle details:

                  unit     key     index     index     index     index       f-const        angle         trig           1-4 elec       1-4 vdw

                     1    cos3         1         2         3         4       5.904600      -1.134000      13.160800       0.000000       0.000000       0.000000       0.000000
                     2    cos3         2         3         4         5       5.904600      -1.134000      13.160800       0.000000       0.000000       0.000000       0.000000


number of specified vdw potentials                6

       pair     atom 1  atom 2     key                              parameters

          1    C1      C1         lj                0.814600            3.750000            0.000000            0.000000            0.000000
          2    C2      C2         lj                0.382000            3.950000            0.000000            0.000000            0.000000
          3    S14     S14        lj                1.046000            4.450000            0.000000            0.000000            0.000000
          4    C1      C2         lj                0.558000            3.850000            0.000000            0.000000            0.000000
          5    C1      S14        lj                0.923000            4.100000            0.000000            0.000000            0.000000
          6    C2      S14        lj                0.633000            4.200000            0.000000            0.000000            0.000000

configuration file name:

          input-turn-config                                                      


selected image convention               1


simulation cell vectors

       30.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
        0.0000000000       30.0000000000        0.0000000000
        0.0000000000        0.0000000000       30.0000000000


system volume            27000.0000000   


long-range correction for: vdw energy    -0.317042E+02
                          : vdw pressure  -0.384247E-01


degrees of freedom break-down list
----------------------------------
all particles           600
centre of mass           -3
non-periodicity           0
frozen                    0
shell-pseudo              0
constrained               0
----------------------------------
total (real)            597


sample of starting configuration on node zero

        i       x(i)        y(i)        z(i)       vx(i)       vy(i)       vz(i)


        1 -5.3460E+00 -4.3530E+00 -5.8400E+00  5.3187E+00  1.6975E+00 -3.5250E+00
        3 -6.9280E+00 -5.8680E+00 -7.2810E+00  4.2182E+00  2.1674E+00 -2.8500E+00
        5 -4.4550E+00 -2.7160E+00 -5.8810E+00 -5.2572E+00 -2.0707E-01  2.9524E+00
       14 -1.6820E+00 -9.4200E-01 -2.2340E+00  6.7830E+00  1.7340E-01 -6.5509E+00
       71 -7.3000E-01 -3.3240E+00 -6.1350E+00 -4.3704E+00 -3.9108E-01 -3.1877E+00
       73 -4.1200E-01 -5.9120E+00 -5.8400E+00  3.1470E-01 -4.4419E+00  1.7874E-03
      141 -7.2950E+00 -2.7620E+00 -1.3680E+00  1.6247E+00  5.0967E+00 -2.4214E+00
      143 -9.5090E+00 -1.8080E+00 -2.0280E+00  4.3821E+00 -6.1615E+00  2.2758E+00
      145 -6.0100E+00 -4.0350E+00 -1.7720E+00  1.8533E+00 -3.4578E+00  1.5776E+00
      181 -7.6030E+00 -7.9500E-01 -6.0470E+00  4.2181E+00 -6.2552E-01 -1.5844E-02
      185 -8.5010E+00 -2.3300E+00 -6.1790E+00 -7.0193E-01  1.5605E+00 -1.0806E+00
      187 -3.6970E+00 -7.7220E+00 -2.4700E+00 -3.8794E+00 -3.1952E+00  6.3163E+00
      189 -4.7470E+00 -9.9870E+00 -2.7590E+00  1.7072E+00 -1.3292E+01 -5.6002E+00


----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

     step     eng_tot    temp_tot     eng_cfg     eng_src     eng_cou     eng_bnd     eng_ang     eng_dih     eng_tet
time(ps)      eng_pv    temp_rot     vir_cfg     vir_src     vir_cou     vir_bnd     vir_ang     vir_con     vir_tet
cpu  (s)      volume    temp_shl     eng_shl     vir_shl       alpha        beta       gamma     vir_pmf       press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        0  1.2483E+08  3.0000E+02  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00000  1.1556E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8752E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------



time elapsed since job start:        0.063 sec

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

     step     eng_tot    temp_tot     eng_cfg     eng_src     eng_cou     eng_bnd     eng_ang     eng_dih     eng_tet
time(ps)      eng_pv    temp_rot     vir_cfg     vir_src     vir_cou     vir_bnd     vir_ang     vir_con     vir_tet
cpu  (s)      volume    temp_shl     eng_shl     vir_shl       alpha        beta       gamma     vir_pmf       press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        1  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00010  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04

  rolling  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
averages  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
       50  1.2434E+08  1.5181E+07  8.6666E+07  2.4960E+05  0.0000E+00  8.6416E+07  7.6470E+00  7.7596E+02  0.0000E+00
  0.00500  5.6513E+07  0.0000E+00  2.7884E+08 -3.0316E+06  0.0000E+00  2.8188E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -4.1171E+04

  rolling  1.2467E+08  3.0763E+07  4.8317E+07  6.5331E+05  0.0000E+00  4.7662E+07  1.0349E+01  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2292E+08  0.0000E+00  1.5795E+08 -7.8918E+06  0.0000E+00  1.6584E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.0626E+03
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      100  1.1977E+08  2.5558E+07  5.6340E+07  2.4380E+05  0.0000E+00  5.6096E+07  1.0932E+01  7.8518E+02  0.0000E+00
  0.01000  8.7243E+07  0.0000E+00  2.2445E+08 -2.9529E+06  0.0000E+00  2.2740E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.2  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.9744E+04

  rolling  1.2318E+08  3.2070E+07  4.3587E+07  4.5891E+05  0.0000E+00  4.3127E+07  9.5630E+00  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2321E+08  0.0000E+00  1.5909E+08 -5.5496E+06  0.0000E+00  1.6464E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.9383E+01
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

DL_POLY_3 terminated due to error   445
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
67楼2010-04-01 10:24:23
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-01 15:01
前面不是在说TEST13的事么？你现在做的又是什么东东？搞不大清楚你的力场和分子是怎么回事。
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68楼2010-04-01 14:29:15
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-04-01 14:29:15:
前面不是在说TEST13的事么？你现在做的又是什么东东？搞不大清楚你的力场和分子是怎么回事。

对test13,就像你所说的周期性边界条件的影响.在vmd上那样显示是因为在dl_poly中的history上考虑周期性边界条件的,所以在VMD显示的时候,就有的靠近边界的分子的键就是断开的或者拉长的...所以我觉得test13 没有什么问题, 生成的history文件不影响分析,只是显示不好,这个问题我是这样理解的.....
而我的自己的体系,进行的是一个nvt berendesen 0.1 设置的模拟,就是跑不起来老是出错...我觉得要么是体系太不平衡,要么是我的CONFIG的设置不合理...
不知道你们都是怎么处理一个体系,比如说前期要不要进行一个 minimize. 还有就是在跑md的时候要不要加一段时间的equilibrium.....
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
69楼2010-04-01 16:12:35
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我原来用GROMACS的话，都要MINIMIZE的啊。。。
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好好学习，天天向上。
70楼2010-04-01 16:20:50
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