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【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与
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我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成? 另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!! |
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对test13,就像你所说的周期性边界条件的影响.在vmd上那样显示是因为在dl_poly中的history上考虑周期性边界条件的,所以在VMD显示的时候,就有的靠近边界的分子的键就是断开的或者拉长的...所以我觉得test13 没有什么问题, 生成的history文件不影响分析,只是显示不好,这个问题我是这样理解的..... 而我的自己的体系,进行的是一个nvt berendesen 0.1 设置的模拟,就是跑不起来老是出错...我觉得要么是体系太不平衡,要么是我的CONFIG的设置不合理... 不知道你们都是怎么处理一个体系,比如说前期要不要进行一个 minimize. 还有就是在跑md的时候要不要加一段时间的equilibrium..... |
69楼2010-04-01 16:12:35
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2楼2010-01-24 16:53:03
3楼2010-01-24 20:21:22
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4楼2010-01-25 09:45:24