【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? - 分子模拟 - LAMMPS/DL_POLY

迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

81楼2010-04-17 12:35:20

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zyj8119

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Originally posted by tpp001 at 2010-04-17 12:35:20:

1.我是用ms生成的盒子,再用fortran生成config.
2. 恩,单个分子的FIELD是跑不起来的,你要做整个盒子的FIELD,看手册.

谢谢，你搞出了GUI了吗？

好好学习，天天向上。

82楼2010-04-17 13:33:48

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zyj8119

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Originally posted by tpp001 at 2010-04-17 12:35:20:

1.我是用ms生成的盒子,再用fortran生成config.
2. 恩,单个分子的FIELD是跑不起来的,你要做整个盒子的FIELD,看手册.

一个盒子的分子太多啊，怎么能一个个的搞的起来呢？有简单的办法吗？

好好学习，天天向上。

83楼2010-04-17 13:35:13

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tpp001

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Originally posted by zyj8119 at 2010-04-17 13:35:13:

一个盒子的分子太多啊，怎么能一个个的搞的起来呢？有简单的办法吗？

因为我用的是别人服务器上面的程序,所以我也没有搞出 gui.
另外,你所说的分子太多是指分子的类型吗?我的体系的分子很小,我只是自己写的...其他方法没有用过...

迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

84楼2010-04-18 13:36:02

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zyj8119

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Originally posted by tpp001 at 2010-04-18 13:36:02:

因为我用的是别人服务器上面的程序,所以我也没有搞出 gui.
另外,你所说的分子太多是指分子的类型吗?我的体系的分子很小,我只是自己写的...其他方法没有用过...

DLPOLY的程序也是博大精深啊，希望老虎大王来指导下，怎么得到整个盒子的FIELD文件？

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85楼2010-04-18 23:49:54

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最近这个帖子没有更新了？？

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86楼2010-05-04 15:14:10

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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-04 20:45:39

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Originally posted by zyj8119 at 2010-04-18 23:49:54:

DLPOLY的程序也是博大精深啊，希望老虎大王来指导下，怎么得到整个盒子的FIELD文件？

这个，只有看Manual，即使我来说一遍，也是照着Manual来说。

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87楼2010-05-04 20:21:32

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tpp001

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Originally posted by zyj8119 at 2010-05-04 15:14:10:
最近这个帖子没有更新了？？

呵呵，最近忙着看文献，发现自己体系还要好好考虑，所以就把软件的问题就先放一放了。毕竟体系考虑好了，才最重要。另外谢谢老虎版主的帮忙啊。。。

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88楼2010-05-04 22:06:06

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-04 20:21:32:

这个，只有看Manual，即使我来说一遍，也是照着Manual来说。

呵呵，做模拟还是要编程能力好啊。。。唉，我还要继续努力。。。

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89楼2010-05-04 23:14:52

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tpp001

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-04 20:21:32:

这个，只有看Manual，即使我来说一遍，也是照着Manual来说。

在 dl_poly手册中关于Potential Of mean Force Constraints,有这样的描述
If a number of simulations are conducted with the system constrained to different points along the reaction coordinate then the mean constraint force may be plotted as a function of reaction coordinate and the function integrated to obtain the free energy for the overall process.
DL POLY 3 reports the PMF constraint virial, WPMF , for each simulation. Users can convert this to the PMF constraint force from
GPMF = -WPMF/dPMF
where is dPMF the constraint distance between the two groups used to define the reaction coordinate.
我想问这里计算了the PMF constraint force , 然后可以通过对2个粒子之间的相互限制力与粒子之间的距离积分得到pmf呢??