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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 22:18:53:





program dlpolyinput
implicit none
integer i, numcoordinate, pbc, numatom
real, PARAMETER :: K=0
character *20 atomname, systemname
real x(200),y(200),z(200), lbox
open(20,file='CONF ...

谢谢啊，兄弟，学习了，我也编了程序，就是运行不出来。
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好好学习，天天向上。
51楼2010-03-22 22:20:18
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 22:20:18:

谢谢啊，兄弟，学习了，我也编了程序，就是运行不出来。

此贴很好，其实做这种程序类型软件，需要自己编程能力要好一点的，大家多多交流。。。
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好好学习，天天向上。
52楼2010-03-22 22:35:32
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 22:20:00:
input-turn-config  
0         1       200
28.850
C1        -7.554        -6.98        -10.036
C2        -8.917        -7.191        -10.626
C2        -8.954        -8.558        -11.308
C2        -10.315        -8.796        -11.93
S14        -7.47        -5.332        -9.259
C1        1.742        -9.347         ...

这列数据，应该是使用EXCEL分列形成的吧，在MS里面导出的PDB文件不是这样的。
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53楼2010-03-22 22:40:45
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 22:40:45:

这列数据，应该是使用EXCEL分列形成的吧，在MS里面导出的PDB文件不是这样的。

恩,正确
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
54楼2010-03-23 10:25:23
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-22 12:08:19:


不知道，应该是有的吧。你去他的网站上看。

不好意思,我这里还是有不少问题.....
现在我改用了3.09版本的,进行了一个npt的模拟,我的 体系是40个丁硫醇....  
我的体系运行出现下面错误...
------------------------------
DL_POLY_3 terminated due to error   445

error - r_14 > rcut in dihedrals_forces
--------------------------------
我把cutoff 加大(一直到盒子长的一半)还是不行....
下面是我 的control文件
integrator leapfrog verlet
temperature      300.00
pressure         0.001  
ensemble npt ber 0.2   0.2

steps               10000
multiple step         1
scale                10
print                50
stack               100
stats                10
traj             1000 100 0

timestep         0.0010
cutoff           9.5000
rvdw cutoff      9.5000
no electrostatics

job time              18000.00
close time            300.00
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55楼2010-03-23 13:04:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-23 15:19
出现这个错误，是说你的r_14太大了，超过了总的短程力截断半径rcut。你要考虑是否可以把dihedral_force 力场里面的 1-4 distance 减小，如果无法减小，就增大rcut。如果Rcut也无法再大了，已经到了盒子的一半，那么我建议你增大盒子，也就是多算一些分子。当然这一切都是在你没有其它错误的前提之下。其实你首先要仔细检查一下你的势参数的设置是否正确。
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56楼2010-03-23 14:10:23
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 14:10:23:
出现这个错误，是说你的r_14太大了，超过了总的短程力截断半径rcut。你要考虑是否可以把dihedral_force 力场里面的 1-4 distance 减小，如果无法减小，就增大rcut。如果Rcut也无法再大了，已经到了盒子的一半，那 ...

您好,为了找到我体系运行出错的原因,我用和以前一样的方法建立CONFIG,跑了一个包含100个水分子的纯水体系.在300k 1atm下.生成了HISTORY文件,我用WMD查看.
初始的100个水分子为下面形态:发现盒子边缘有些水分子的化学键断开了

运行结束后:发现有些水分子的化学键变的很长


我觉得可能是我的初始构型:就是建立CONFIG的方法不对. ....??
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57楼2010-03-25 15:55:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-25 20:11
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-03-25 15:55:14:

您好,为了找到我体系运行出错的原因,我用和以前一样的方法建立CONFIG,跑了一个包含100个水分子的纯水体系.在300k 1atm下.生成了HISTORY文件,我用WMD查看.
初始的100个水分子为下面形态:发现盒子边缘有些水分子 ...

方法应该没有什么问题，有时候，一个小小的格式错误都会导致问题
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58楼2010-03-25 19:29:06
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-25 19:29:06:

方法应该没有什么问题，有时候，一个小小的格式错误都会导致问题

不知道你用ms的pdb转化过来的config文件运行以后出现过这样的情况吗?望回复thanks
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59楼2010-03-25 20:57:54
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-27 22:17
你第二张图我没有看懂。你计算键长的时候有没有用到周期性边界条件下的邻像变换？
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60楼2010-03-25 21:32:27
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