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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-01 20:16
构型和力场都可能有问题。力场有问题的可能性也不小。你设置的温度是300K，第一步温度就骤升到几十万度，然后又升到10的7次方。温度升这么厉害，显然是势能过大，转换成了动能。出现这个问题的原因，一般情况下一是构型不合理，一是力场有问题。
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71楼2010-04-01 18:17:36
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-05 09:36
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-04-01 18:17:36:
构型和力场都可能有问题。力场有问题的可能性也不小。你设置的温度是300K，第一步温度就骤升到几十万度，然后又升到10的7次方。温度升这么厉害，显然是势能过大，转换成了动能。出现这个问题的原因，一般情况下一 ...

都第8页了，几乎都是老虎大王独挡啊，呵呵，要不干脆就让这个帖子作为DL_POLY的答疑帖吧。
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72楼2010-04-04 19:32:47
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-04-04 19:32:47:

都第8页了，几乎都是老虎大王独挡啊，呵呵，要不干脆就让这个帖子作为DL_POLY的答疑帖吧。

我也这么想，老虎大王是高手啊。。。。问 tpp001个问题，如果MS在生成盒子的时候，没有那个元素的力场参数怎么办呢？比如说F原子，MS里面生成力场不能用UFF或者Dreiding，离子液体很多就含有F原子。
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好好学习，天天向上。
73楼2010-04-07 09:34:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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老虎大王，你的QQ是？？？
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74楼2010-04-07 09:48:45
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-07 09:34:49:

我也这么想，老虎大王是高手啊。。。。问 tpp001个问题，如果MS在生成盒子的时候，没有那个元素的力场参数怎么办呢？比如说F原子，MS里面生成力场不能用UFF或者Dreiding，离子液体很多就含有F原子。

我不了解ms里面的力场，它不包括F原子的参数吗？？？
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
75楼2010-04-08 09:53:40
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-08 10:31
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-04-08 09:53:40:

我不了解ms里面的力场，它不包括F原子的参数吗？？？

MS里面建力场的时候用不了UFF和Dreiding力场，只能用CVFF力场和其他几个。这几个都没有。。。
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76楼2010-04-08 10:26:06
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-08 10:26:06:

MS里面建力场的时候用不了UFF和Dreiding力场，只能用CVFF力场和其他几个。这几个都没有。。。

哦,在ms中添加新的力场这个我也不懂,你还是问问ms的售后服务工程师把...
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77楼2010-04-08 15:04:23
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-04-01 18:17:36:
构型和力场都可能有问题。力场有问题的可能性也不小。你设置的温度是300K，第一步温度就骤升到几十万度，然后又升到10的7次方。温度升这么厉害，显然是势能过大，转换成了动能。出现这个问题的原因，一般情况下一 ...

您好,又来麻烦了..
因为HISTORY的坐标不能直接用来统计分析(从前面的几个截图可以看出来,有的分子是断开的). 所以需要一定的转换吧,下面这段程序是在官方论坛上面有人这样写的,虽然讲的很清楚,可是我不明白他的算法是什么意思? 大家能给解释一下吗?谢谢!!

here is a way to generate image flags (or unwrapped coordinates) from the HISTORY file which contains the wrapped coordinates:

Assumptions:

1. All the atoms listed in the first configuration listed in the HISTORY file are assumed to be inside the box

2. The time between successive configurations in the HISTORY file is small enough for the atoms to not cross the simulation box boundaries more than once

3. Simulation box is cuboid, should be easily modifiable for other geometries

Procedure:

1. Initialize the image flags ix, iy and iz in the x, y and z directions to 0, i.e.

Code:ix = 0; iy = 0; iz = 0;

where

i = index of atoms going from 1 to nAtoms

2. Read the coordinates of all the atoms in the first configuration (config_old) and label them x_old, y_old and z_old

3. Read the coordinates of all the atoms from the next configuration (config_new) and label them x_new, y_new and z_new

4. The image flags for the configuration denoted as 'config_new' are then given as follows
Code:      ix = ix+int(2*(x_old-x_new)/L_x);
      iy = iy+int(2*(y_old-y_new)/L_y);
      iz = iz+int(2*(z_old-z_new)/L_z);

where,

int(k) = the integer part of the floating point number k
L_x = Simulation box length in the x direction
L_y = Simulation box length in the y direction
L_z = Simulation box length in the z direction

Note
1. If the box were cubic, L_x = L_y = L_z = L
2. Do not reset the image flags to zero, just keep on incrementing them

5. The unwrapped coordinated for the configuration denoted as 'config_new' are then given as

Code:      x_uw = x_new+L_x*ix
      y_uw = y_new+L_y*iy
      z_uw = z_new+L_z*iz

6. You can then use the unwrapped coordinates to fine the diffusion, etc.
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78楼2010-04-08 15:17:20
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
TPP001,你是在MS里面生成盒子，然后使用哪个程序生成的输入文件吧？但是如果不在MS里面生成盒子，就是画一个分子，不知道编程能否也能自己生成盒子？
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79楼2010-04-16 08:44:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
再来问一下，如果做得是整个盒子的CONFIG,但是FIELD却是单个分子的，是不是就跑步起来？怎么样才能把整个的盒子的FIELD文件生成出来？
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80楼2010-04-16 17:03:18
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