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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-17 20:45:05:


我记得VMD好像可以打开DLPOLY的HISTORY文件。由于CONFIG和HISTORY文件很像的，大概也可以打开。另外还有一个软件叫GDIS似乎也可以。但我自己都没有用过。当然，最好还是自己把它写成PDB或者XYZ文件，这样，很 ...

兄弟，你有自己写的实例程序吗？让我看看？我还不知道这个程序怎么写？
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好好学习，天天向上。
40楼2010-03-22 09:08:06
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 11:57:19:

什么程序啊?

就是怎么从MS文件生成DLPOLY文件的程序啊？什么语言的都成。
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45楼2010-03-22 17:30:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 21:33:11:

啊，其实我的体系也没有跑成功..我就是把ms生成的pdb 文件经过一系列的处理才生成CONFIG格式文件...其他的我都是自己手写的....没有固定的程序

你怎么处理的，算法思想是？我也是想这么干，但是程序移植编不好，我用的是FORTRAN
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47楼2010-03-22 21:34:59
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 21:34:59:

你怎么处理的，算法思想是？我也是想这么干，但是程序移植编不好，我用的是FORTRAN

吧你写的实例程序发到这里看看，大家学习学习。。。
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48楼2010-03-22 21:37:42
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 22:18:53:





program dlpolyinput
implicit none
integer i, numcoordinate, pbc, numatom
real, PARAMETER :: K=0
character *20 atomname, systemname
real x(200),y(200),z(200), lbox
open(20,file='CONF ...

谢谢啊，兄弟，学习了，我也编了程序，就是运行不出来。
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51楼2010-03-22 22:20:18
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by zyj8119 at 2010-03-22 22:20:18:

谢谢啊，兄弟，学习了，我也编了程序，就是运行不出来。

此贴很好，其实做这种程序类型软件，需要自己编程能力要好一点的，大家多多交流。。。
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52楼2010-03-22 22:35:32
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by tpp001 at 2010-03-22 22:20:00:
input-turn-config  
0         1       200
28.850
C1        -7.554        -6.98        -10.036
C2        -8.917        -7.191        -10.626
C2        -8.954        -8.558        -11.308
C2        -10.315        -8.796        -11.93
S14        -7.47        -5.332        -9.259
C1        1.742        -9.347         ...

这列数据，应该是使用EXCEL分列形成的吧，在MS里面导出的PDB文件不是这样的。
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53楼2010-03-22 22:40:45
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-25 20:11
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Originally posted by tpp001 at 2010-03-25 15:55:14:

您好,为了找到我体系运行出错的原因,我用和以前一样的方法建立CONFIG,跑了一个包含100个水分子的纯水体系.在300k 1atm下.生成了HISTORY文件,我用WMD查看.
初始的100个水分子为下面形态:发现盒子边缘有些水分子 ...

方法应该没有什么问题，有时候，一个小小的格式错误都会导致问题
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58楼2010-03-25 19:29:06
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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我原来用GROMACS的话，都要MINIMIZE的啊。。。
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70楼2010-04-01 16:20:50
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by ghcacj at 2010-04-04 19:32:47:

都第8页了，几乎都是老虎大王独挡啊，呵呵，要不干脆就让这个帖子作为DL_POLY的答疑帖吧。

我也这么想，老虎大王是高手啊。。。。问 tpp001个问题，如果MS在生成盒子的时候，没有那个元素的力场参数怎么办呢？比如说F原子，MS里面生成力场不能用UFF或者Dreiding，离子液体很多就含有F原子。
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73楼2010-04-07 09:34:49
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