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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
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tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-04 20:21:32:


这个,只有看Manual,即使我来说一遍,也是照着Manual来说。

在 dl_poly手册中关于Potential Of mean Force Constraints,有这样的描述
If a number of simulations are conducted with the system constrained to different points along the reaction coordinate then the mean constraint force may be plotted as a function of reaction coordinate and the function integrated to obtain the free energy for the overall process.
DL POLY 3 reports the PMF constraint virial, WPMF , for each simulation. Users can convert this to the PMF constraint force from
GPMF = -WPMF/dPMF
where is dPMF the constraint distance between the two groups used to define the reaction coordinate.
我想问这里计算了the PMF constraint force , 然后可以通过对2个粒子之间的相互限制力与粒子之间的距离积分得到pmf呢??
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
90楼2010-05-05 17:00:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑,授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。
2楼2010-01-24 16:53:03
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tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
3楼2010-01-24 20:21:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29
难处在于,谁肯费这个时间教你呢?你多少也应该自己学一些,然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程,给你个完整的例子,换了你,你愿意干么?就算你愿意,你有那个时间么?大家都很忙啊。

Config文件如何生成,手册上讲得非常之详细,你自己试着下手弄一下,哪里不懂可以提问,这样好一些,也学得比较快。关键是要动手啊。
4楼2010-01-25 09:45:24
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