24小时热门版块排行榜    

查看: 4533  |  回复: 98
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
回复此楼
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-27 17:55:02:
是这样的,比如你图中最右边的原子,与它成键的有可能是最左边的原子,因为这两个原子之间的距离在周期性边界条件下是很近的。你输入的构型肯定是所有成键原子都在一起的,但是运行了MD之后,有的分子内的部分原子 ...

您好,我的体系是40个正丁硫醇体系,用dl_poly3.09版本,已经运行了100步停止了,出现这样的错误提示:
error - r_14 > rcut in dihedrals_forces
我的CONTROL是这样的

DL_POLY TEST CASE
integrator leapfrog verlet
temperature      300.00
pressure         0.0000
ensemble nvt berendesen 0.1
no index
steps               10000
multiple step         1
scale                10
print                50
stack               100
stats                10
traj             1000 100 0
densvar          30
timestep         0.00010
cutoff           12.0000
delr width       1.0000
rvdw cutoff      10.0000
no electrostatics
quaternion tolerance  1.0E-5
job time              18000.00
close time            300.00
finish
然后我就根据error提示,把cutoff改为13.000
可是出现这样的错误提示:
error - wrongly indexed atom entries found in CONFIG file
我检查CONFIG没有错误啊....
望能给些意见,谢谢!!
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
66楼2010-04-01 10:21:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 99 个回答

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑,授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。
2楼2010-01-24 16:53:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
3楼2010-01-24 20:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29
难处在于,谁肯费这个时间教你呢?你多少也应该自己学一些,然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程,给你个完整的例子,换了你,你愿意干么?就算你愿意,你有那个时间么?大家都很忙啊。

Config文件如何生成,手册上讲得非常之详细,你自己试着下手弄一下,哪里不懂可以提问,这样好一些,也学得比较快。关键是要动手啊。
4楼2010-01-25 09:45:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见