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tpp001

金虫 (著名写手)

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专业: 化学

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

1楼 2010-01-24 16:25:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

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这是我运行了100步停止的输出文件''''''''''''

这是我运行了100步停止的输出文件..........

**************  stfc/ccp5  program library package
               daresbury laboratory molecular
D L _ P O L Y dynamics program for large systems
               authors: i.t.todorov  &  w.smith
**************  version 3.09.4  / september 2008

**************  Execution on    8 node(s) ******

node/domain decomposition (x,y,z):    2    2    2

link-cell decomposition 1 (x,y,z):    1    1    1

warning issued 100

*** warning - employed link cell algorithm has a link cell dimension is < 4 !!! ***
*** DL_POLY_3 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! ***

**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
************************    DL_POLY TEST CASE 2: Al with Sutton-Chen potential                         ************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************

SIMULATION CONTROL PARAMETERS

simulation temperature (K)       3.0000E+02

simulation pressure (katms)       0.0000E+00

Integration : Leapfrog Verlet
Ensemble : NVT Berendsen
thermostat relaxation time (ps)    1.0000E-01

no index (reading in CONFIG) option on

selected number of timesteps       10000

warning issued    36

*** warning - DL_POLY_2 directive 'mult(iple timestep)' defaulted to ***
*** DL_POLY_3 'infrequent k-space SPME evaluation' directive ***

temperature scaling on (during equilibration)
temperature scaling interval          10

data printing interval                50

data stacking interval             100

statistics file interval             10

trajectory file option on
trajectory file start             1000
trajectory file interval             100
trajectory file info key             0

density variation allowance (%)    3.0000E+01

real space cutoff (Ang)          1.3000E+01

warning issued    35

*** warning - redundant directive delr ignored ***

vdw cutoff (Ang)                   1.0000E+01

warning issued    33

*** warning - redundant directive quaternion ignored ***

user allocated job time (s)       1.8000E+04

job closure time       (s)       3.0000E+02

clean start requested

Electrostatics switched off!!!

fixed simulation timestep (ps)    1.0000E-04

data dumping interval             1000

SYSTEM SPECIFICATION

energy units = kJ/mol

number of molecular types             1

molecular species type                1

name of species:          butanethiol

number of molecules                   40

number of atoms/sites                5

atomic characteristics:

            site    name          mass       charge    repeat    freeze

               1 C1          15.035000    0.000000       1       0
               2 C2          14.027000    0.000000       1       0
               3 C2          14.027000    0.000000       1       0
               4 C2          14.027000    0.000000       1       0
               5 S14          33.068000    0.000000       1       0

number of chemical bonds             4

chemical bond details:

               unit    key    index    index                         parameters

                  1 harm       1       2 500000.000000    1.540000    0.000000    0.000000
                  2 harm       2       3 500000.000000    1.540000    0.000000    0.000000
                  3 harm       3       4 500000.000000    1.540000    0.000000    0.000000
                  4 harm       4       5 500000.000000    1.820000    0.000000    0.000000

number of bond angles                3

bond angle details:

               unit    key    index    index    index    f-const       angle

                  1 harm       1       2       3    0.158000    114.400000    0.000000    0.000000
                  2 harm       2       3       4    0.158000    114.400000    0.000000    0.000000
                  3 harm       3       4       5    0.158000    114.400000    0.000000    0.000000

number of dihedral angles             2

dihedral angle details:

               unit    key    index    index    index    index    f-const       angle       trig          1-4 elec    1-4 vdw

                  1 cos3       1       2       3       4    5.904600    -1.134000    13.160800    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
                  2 cos3       2       3       4       5    5.904600    -1.134000    13.160800    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

number of specified vdw potentials             6

   pair    atom 1  atom 2    key                            parameters

      1 C1    C1       lj             0.814600          3.750000          0.000000          0.000000          0.000000
      2 C2    C2       lj             0.382000          3.950000          0.000000          0.000000          0.000000
      3 S14    S14       lj             1.046000          4.450000          0.000000          0.000000          0.000000
      4 C1    C2       lj             0.558000          3.850000          0.000000          0.000000          0.000000
      5 C1    S14       lj             0.923000          4.100000          0.000000          0.000000          0.000000
      6 C2    S14       lj             0.633000          4.200000          0.000000          0.000000          0.000000

configuration file name:

      input-turn-config

selected image convention             1

simulation cell vectors

   30.0000000000       0.0000000000       0.0000000000
      0.0000000000    30.0000000000       0.0000000000
      0.0000000000       0.0000000000    30.0000000000

system volume          27000.0000000

long-range correction for: vdw energy -0.317042E+02
                        : vdw pressure  -0.384247E-01

degrees of freedom break-down list
----------------------------------
all particles          600
centre of mass          -3
non-periodicity          0
frozen                   0
shell-pseudo             0
constrained             0
----------------------------------
total (real)          597

sample of starting configuration on node zero

      i    x(i)       y(i)       z(i)    vx(i)    vy(i)    vz(i)

      1 -5.3460E+00 -4.3530E+00 -5.8400E+00  5.3187E+00  1.6975E+00 -3.5250E+00
      3 -6.9280E+00 -5.8680E+00 -7.2810E+00  4.2182E+00  2.1674E+00 -2.8500E+00
      5 -4.4550E+00 -2.7160E+00 -5.8810E+00 -5.2572E+00 -2.0707E-01  2.9524E+00
   14 -1.6820E+00 -9.4200E-01 -2.2340E+00  6.7830E+00  1.7340E-01 -6.5509E+00
   71 -7.3000E-01 -3.3240E+00 -6.1350E+00 -4.3704E+00 -3.9108E-01 -3.1877E+00
   73 -4.1200E-01 -5.9120E+00 -5.8400E+00  3.1470E-01 -4.4419E+00  1.7874E-03
   141 -7.2950E+00 -2.7620E+00 -1.3680E+00  1.6247E+00  5.0967E+00 -2.4214E+00
   143 -9.5090E+00 -1.8080E+00 -2.0280E+00  4.3821E+00 -6.1615E+00  2.2758E+00
   145 -6.0100E+00 -4.0350E+00 -1.7720E+00  1.8533E+00 -3.4578E+00  1.5776E+00
   181 -7.6030E+00 -7.9500E-01 -6.0470E+00  4.2181E+00 -6.2552E-01 -1.5844E-02
   185 -8.5010E+00 -2.3300E+00 -6.1790E+00 -7.0193E-01  1.5605E+00 -1.0806E+00
   187 -3.6970E+00 -7.7220E+00 -2.4700E+00 -3.8794E+00 -3.1952E+00  6.3163E+00
   189 -4.7470E+00 -9.9870E+00 -2.7590E+00  1.7072E+00 -1.3292E+01 -5.6002E+00

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

   step    eng_tot temp_tot    eng_cfg    eng_src    eng_cou    eng_bnd    eng_ang    eng_dih    eng_tet
time(ps)    eng_pv temp_rot    vir_cfg    vir_src    vir_cou    vir_bnd    vir_ang    vir_con    vir_tet
cpu  (s)    volume temp_shl    eng_shl    vir_shl    alpha       beta    gamma    vir_pmf    press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      0  1.2483E+08  3.0000E+02  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00000  1.1556E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8752E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

time elapsed since job start:       0.063 sec

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

   step    eng_tot temp_tot    eng_cfg    eng_src    eng_cou    eng_bnd    eng_ang    eng_dih    eng_tet
time(ps)    eng_pv temp_rot    vir_cfg    vir_src    vir_cou    vir_bnd    vir_ang    vir_con    vir_tet
cpu  (s)    volume temp_shl    eng_shl    vir_shl    alpha       beta    gamma    vir_pmf    press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      1  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00010  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04

  rolling  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
averages  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
   50  1.2434E+08  1.5181E+07  8.6666E+07  2.4960E+05  0.0000E+00  8.6416E+07  7.6470E+00  7.7596E+02  0.0000E+00
  0.00500  5.6513E+07  0.0000E+00  2.7884E+08 -3.0316E+06  0.0000E+00  2.8188E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -4.1171E+04

  rolling  1.2467E+08  3.0763E+07  4.8317E+07  6.5331E+05  0.0000E+00  4.7662E+07  1.0349E+01  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2292E+08  0.0000E+00  1.5795E+08 -7.8918E+06  0.0000E+00  1.6584E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.0626E+03
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
   100  1.1977E+08  2.5558E+07  5.6340E+07  2.4380E+05  0.0000E+00  5.6096E+07  1.0932E+01  7.8518E+02  0.0000E+00
  0.01000  8.7243E+07  0.0000E+00  2.2445E+08 -2.9529E+06  0.0000E+00  2.2740E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
   0.2  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.9744E+04

  rolling  1.2318E+08  3.2070E+07  4.3587E+07  4.5891E+05  0.0000E+00  4.3127E+07  9.5630E+00  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2321E+08  0.0000E+00  1.5909E+08 -5.5496E+06  0.0000E+00  1.6464E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
         2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.9383E+01
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

67楼2010-04-01 10:24:23

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老虎大王

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑，授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36

这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

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2楼2010-01-24 16:53:03

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tpp001

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引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?

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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou

3楼2010-01-24 20:21:22

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老虎大王

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29

难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。

Config文件如何生成，手册上讲得非常之详细，你自己试着下手弄一下，哪里不懂可以提问，这样好一些，也学得比较快。关键是要动手啊。

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4楼2010-01-25 09:45:24

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