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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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1楼 2010-01-24 16:25:51
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tpp001

金虫 (著名写手)

这是我运行了100步停止的输出文件''''''''''''

这是我运行了100步停止的输出文件..........

**************  stfc/ccp5  program library package
                 daresbury   laboratory   molecular
D L _ P O L Y   dynamics program for large systems
                 authors:   i.t.todorov  &  w.smith
**************  version 3.09.4  /   september 2008

**************  Execution on      8 node(s) ******

node/domain decomposition (x,y,z):      2     2     2

link-cell decomposition 1 (x,y,z):      1     1     1

warning issued    100

*** warning - employed link cell algorithm has a link cell dimension is < 4 !!! ***
*** DL_POLY_3 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! ***


**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
************************     DL_POLY TEST CASE 2: Al with Sutton-Chen potential                           ************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************
**********************************************************************************************************************************


SIMULATION CONTROL PARAMETERS

simulation temperature (K)          3.0000E+02

simulation pressure (katms)         0.0000E+00

Integration : Leapfrog Verlet
Ensemble : NVT Berendsen
thermostat relaxation time (ps)     1.0000E-01

no index (reading in CONFIG) option on

selected number of timesteps        10000

warning issued     36

*** warning - DL_POLY_2 directive 'mult(iple timestep)' defaulted to ***
*** DL_POLY_3 'infrequent k-space SPME evaluation' directive ***


temperature scaling on (during equilibration)
temperature scaling interval           10

data printing interval                 50

data stacking interval                100

statistics file interval               10

trajectory file option on  
trajectory file start                1000
trajectory file interval              100
trajectory file info key                0

density variation allowance (%)     3.0000E+01

real space cutoff (Ang)             1.3000E+01

warning issued     35

*** warning - redundant directive delr ignored ***


vdw cutoff (Ang)                    1.0000E+01

warning issued     33

*** warning - redundant directive quaternion ignored ***


user allocated job time (s)         1.8000E+04

job closure time        (s)         3.0000E+02

clean start requested

Electrostatics switched off!!!

fixed simulation timestep (ps)      1.0000E-04

data dumping interval                1000


SYSTEM SPECIFICATION

energy units = kJ/mol


number of molecular types               1


molecular species type                  1

name of species:             butanethiol                             

number of molecules                    40

number of atoms/sites                   5

atomic characteristics:

               site     name            mass         charge      repeat      freeze

                  1    C1            15.035000       0.000000         1         0
                  2    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  3    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  4    C2            14.027000       0.000000         1         0
                  5    S14           33.068000       0.000000         1         0


number of chemical bonds                4

chemical bond details:

                  unit     key     index     index                            parameters

                     1    harm         1         2    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     2    harm         2         3    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     3    harm         3         4    500000.000000       1.540000       0.000000       0.000000
                     4    harm         4         5    500000.000000       1.820000       0.000000       0.000000


number of bond angles                   3

bond angle details:

                  unit     key     index     index     index       f-const        angle

                     1    harm         1         2         3       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000
                     2    harm         2         3         4       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000
                     3    harm         3         4         5       0.158000     114.400000       0.000000       0.000000


number of dihedral angles               2

dihedral angle details:

                  unit     key     index     index     index     index       f-const        angle         trig           1-4 elec       1-4 vdw

                     1    cos3         1         2         3         4       5.904600      -1.134000      13.160800       0.000000       0.000000       0.000000       0.000000
                     2    cos3         2         3         4         5       5.904600      -1.134000      13.160800       0.000000       0.000000       0.000000       0.000000


number of specified vdw potentials                6

       pair     atom 1  atom 2     key                              parameters

          1    C1      C1         lj                0.814600            3.750000            0.000000            0.000000            0.000000
          2    C2      C2         lj                0.382000            3.950000            0.000000            0.000000            0.000000
          3    S14     S14        lj                1.046000            4.450000            0.000000            0.000000            0.000000
          4    C1      C2         lj                0.558000            3.850000            0.000000            0.000000            0.000000
          5    C1      S14        lj                0.923000            4.100000            0.000000            0.000000            0.000000
          6    C2      S14        lj                0.633000            4.200000            0.000000            0.000000            0.000000

configuration file name:

          input-turn-config                                                      


selected image convention               1


simulation cell vectors

       30.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
        0.0000000000       30.0000000000        0.0000000000
        0.0000000000        0.0000000000       30.0000000000


system volume            27000.0000000   


long-range correction for: vdw energy    -0.317042E+02
                          : vdw pressure  -0.384247E-01


degrees of freedom break-down list
----------------------------------
all particles           600
centre of mass           -3
non-periodicity           0
frozen                    0
shell-pseudo              0
constrained               0
----------------------------------
total (real)            597


sample of starting configuration on node zero

        i       x(i)        y(i)        z(i)       vx(i)       vy(i)       vz(i)


        1 -5.3460E+00 -4.3530E+00 -5.8400E+00  5.3187E+00  1.6975E+00 -3.5250E+00
        3 -6.9280E+00 -5.8680E+00 -7.2810E+00  4.2182E+00  2.1674E+00 -2.8500E+00
        5 -4.4550E+00 -2.7160E+00 -5.8810E+00 -5.2572E+00 -2.0707E-01  2.9524E+00
       14 -1.6820E+00 -9.4200E-01 -2.2340E+00  6.7830E+00  1.7340E-01 -6.5509E+00
       71 -7.3000E-01 -3.3240E+00 -6.1350E+00 -4.3704E+00 -3.9108E-01 -3.1877E+00
       73 -4.1200E-01 -5.9120E+00 -5.8400E+00  3.1470E-01 -4.4419E+00  1.7874E-03
      141 -7.2950E+00 -2.7620E+00 -1.3680E+00  1.6247E+00  5.0967E+00 -2.4214E+00
      143 -9.5090E+00 -1.8080E+00 -2.0280E+00  4.3821E+00 -6.1615E+00  2.2758E+00
      145 -6.0100E+00 -4.0350E+00 -1.7720E+00  1.8533E+00 -3.4578E+00  1.5776E+00
      181 -7.6030E+00 -7.9500E-01 -6.0470E+00  4.2181E+00 -6.2552E-01 -1.5844E-02
      185 -8.5010E+00 -2.3300E+00 -6.1790E+00 -7.0193E-01  1.5605E+00 -1.0806E+00
      187 -3.6970E+00 -7.7220E+00 -2.4700E+00 -3.8794E+00 -3.1952E+00  6.3163E+00
      189 -4.7470E+00 -9.9870E+00 -2.7590E+00  1.7072E+00 -1.3292E+01 -5.6002E+00


----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

     step     eng_tot    temp_tot     eng_cfg     eng_src     eng_cou     eng_bnd     eng_ang     eng_dih     eng_tet
time(ps)      eng_pv    temp_rot     vir_cfg     vir_src     vir_cou     vir_bnd     vir_ang     vir_con     vir_tet
cpu  (s)      volume    temp_shl     eng_shl     vir_shl       alpha        beta       gamma     vir_pmf       press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        0  1.2483E+08  3.0000E+02  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00000  1.1556E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8752E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------



time elapsed since job start:        0.063 sec

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

     step     eng_tot    temp_tot     eng_cfg     eng_src     eng_cou     eng_bnd     eng_ang     eng_dih     eng_tet
time(ps)      eng_pv    temp_rot     vir_cfg     vir_src     vir_cou     vir_bnd     vir_ang     vir_con     vir_tet
cpu  (s)      volume    temp_shl     eng_shl     vir_shl       alpha        beta       gamma     vir_pmf       press

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
        1  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
  0.00010  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04

  rolling  1.2628E+08  5.8520E+05  1.2483E+08  2.5787E+06  0.0000E+00  1.2225E+08  6.1460E+00  7.8775E+02  0.0000E+00
averages  1.3976E+07  0.0000E+00  3.3981E+08 -3.1072E+07  0.0000E+00  3.7088E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -6.8165E+04
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
       50  1.2434E+08  1.5181E+07  8.6666E+07  2.4960E+05  0.0000E+00  8.6416E+07  7.6470E+00  7.7596E+02  0.0000E+00
  0.00500  5.6513E+07  0.0000E+00  2.7884E+08 -3.0316E+06  0.0000E+00  2.8188E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.1  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -4.1171E+04

  rolling  1.2467E+08  3.0763E+07  4.8317E+07  6.5331E+05  0.0000E+00  4.7662E+07  1.0349E+01  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2292E+08  0.0000E+00  1.5795E+08 -7.8918E+06  0.0000E+00  1.6584E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.0626E+03
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      100  1.1977E+08  2.5558E+07  5.6340E+07  2.4380E+05  0.0000E+00  5.6096E+07  1.0932E+01  7.8518E+02  0.0000E+00
  0.01000  8.7243E+07  0.0000E+00  2.2445E+08 -2.9529E+06  0.0000E+00  2.2740E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
      0.2  2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00 -1.9744E+04

  rolling  1.2318E+08  3.2070E+07  4.3587E+07  4.5891E+05  0.0000E+00  4.3127E+07  9.5630E+00  7.4649E+02  0.0000E+00
averages  1.2321E+08  0.0000E+00  1.5909E+08 -5.5496E+06  0.0000E+00  1.6464E+08  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00
           2.7000E+04  0.0000E+00  0.0000E+00  0.0000E+00  9.0000E+01  9.0000E+01  9.0000E+01  0.0000E+00  1.9383E+01
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

DL_POLY_3 terminated due to error   445
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67楼2010-04-01 10:24:23
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑，授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。
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2楼2010-01-24 16:53:03
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
3楼2010-01-24 20:21:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29
难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。

Config文件如何生成，手册上讲得非常之详细，你自己试着下手弄一下，哪里不懂可以提问，这样好一些，也学得比较快。关键是要动手啊。
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4楼2010-01-25 09:45:24
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