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【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与
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我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成? 另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!! |
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老虎大王
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-14 19:34
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-14 19:34
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你好。来信收到后我立即运行了你的作业。结果比你的还糟糕，只运行了三步。显示器上显示的错误是segmentation fault。不过这三步计算的数据结果与你前面给出的前三步是一样的。同时所有的输出变量都是在正常范围以内的。我实在看不出哪里有异常。另外注意到你是用的构型优化计算，我改了一下，直接在300K下运行Nve Md，结果一步也没有走，提示出现了105号错误，即shake算法不收敛。 我对你计算的体系和力场不怎么熟悉，以我粗浅的经验认为，问题一般不外乎出现在力场和初始构型上。你的初始构型有没有用分子图象程序比如VMD之类看过？有没有问题？你的力场是从哪里来的？单位有没有弄错？ 如果你是初学，我倒建议你先重复一下别人的工作，找一篇体系和你近拟，报道比较详细的文献，用DLPOLY把人家的工作做一次，看看结果是不是和人家一样，然后照猫画虎再弄你自己的东西，起码可以保证你对程序的输入输出的理解是正确的。 |
33楼2010-03-14 18:54:32
老虎大王
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2楼2010-01-24 16:53:03
3楼2010-01-24 20:21:22
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4楼2010-01-25 09:45:24