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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-26 08:02:29:
jobtime和closetime,单位是秒。这个时间是真实的时间，就是你计算机运行的时间。这两个命令控制的是你计算机的作业时间。就是说你打算用多少机时来搞这个计算。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-1-26 at 0 ...

不好意思,又有问题麻烦你了.
我用ms建立我的体系以后生成了一个带有xyz坐标的文件*.pdb
我想通过编程把里面的格式给修改成config格式.
config中原子的坐标的格式是下面这样的.
CT               1
    -5.367652772        -4.974650238        -5.990217152   
    -3.753414027        -2.997453843         4.469020573   
    -4347.618322         785.7157385         1473.633382  
我想问: 在编程的输出,对于config 第一行 CT 和 1 之间的空格应该有几个合适,随便多少都合适吗?
在第二行的开头这里的空格要不要?如果要,留几个空格合适,谢谢!

还有一个疑问就是在config开头有一个变量natoms是定义原子的数目,我查看了几个例子发现这个natoms的数目和config中包含的数目不一致..有的config文件中这个变量都没有设定?这是怎么一回事?

[ Last edited by tpp001 on 2010-1-27 at 22:07 ]
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11楼2010-01-27 21:58:11
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-01-28 10:35
老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个“1”字就是要占10列宽度，也就是要写在第18列以前。留几个空格不是问题。同时你也应该读到，这个“1"，也就是原子的Index，它并不是必须的，写不写都行。

B。natoms其实不是必须的。这个你要自己验证，你运行一个例子，运行两遍，胡乱改一下这个数字，看看结果是否相同。呵呵。其实，这个原子数目是在FIELD文件中定义的。这个地方胡填一个也不影响大局，就好像你前面问的engcfg这个变量一样。当然我建议你认真把能准确写出的数据都给它填好。
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12楼2010-01-28 10:20:35
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-28 10:20:35:
老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个 ...

我想问一下,CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗
我在CONFIG中是这样描述的
C1               1
              14.725              10.573              37.602
C2               2
              15.492               9.515              38.393
C3               3
              15.720               9.910              39.857
C4               4
              16.413               8.815              40.667
S14              5
              14.484              10.045              35.884
而在FIELD 中这样来定义的:
atoms 5     mass        charge    rept
   CH3      15.03500     0.0        1
   CH2      14.02700     0.0        3
     SH     33.06800     0.0        1
我自己的理解是CONFIG中的C1,C2,C3,C4,S14是原子的名称,而FIELD中的CH3,CH2,SH是原子类型,可以不一样,但是它们是一一对应的,这样理解对吗??
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13楼2010-02-01 20:24:40
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-02-01 22:11
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比较深的理解了。先按你的想法，另外再改写一下ＣＯＮＦＩＧ，各运行两三步，看结果一样不一样。
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14楼2010-02-01 21:05:39
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小润猪

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 09:28
关于CONFIG文件生成，有很多方法，可以用MS，也可以用metadise、gulp、discovery studio 等，这些软件都可以实现这个功能。说白了CONFIG 就是些原子坐标，简单分子甚至可以自己计算着写上去。
CONFIG 与FIELD 文件中的标识方法需要一致，而且出现顺序也必须一致。
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15楼2010-02-03 03:02:38
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-02-01 21:05:39:
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比 ...

我还没有运行我的体系,但是我想问一下,如果我想看最后的CFGMIN 即:the configuration with the lowest configurational energy. 给出的结构,怎么查看,谢谢........
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16楼2010-02-03 14:14:45
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 小润猪 at 2010-02-03 03:02:38:
关于CONFIG文件生成，有很多方法，可以用MS，也可以用metadise、gulp、discovery studio 等，这些软件都可以实现这个功能。说白了CONFIG 就是些原子坐标，简单分子甚至可以自己计算着写上去。
CONFIG 与FIELD 文 ...

谢谢你的回复,你的意思是:
我上面给的 CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗
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17楼2010-02-03 14:15:36
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小润猪

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 20:12
肯定要一样的，要不怎么对应识别？
如果不一样，运行时会提示你出错的。
呵呵，按照我的经验是一定要一致的。
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18楼2010-02-03 18:52:54
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小润猪

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-02-03 20:13
分子模拟我也是刚起步，只是运气较好，跟个有耐心的老板，很多东西直接问他就行。我现在是用metadise生成config文件，然后用dl_poly运算动力学。
个人觉得，最难和最关键的其实是如何确定field里面的作用参数。不仅是要找到有参数，而且这些参数要适合我们的模拟体系。
其他操作技巧，两个月可以上手，以后基本都差不多了。
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19楼2010-02-03 19:03:59
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-02-01 21:05:39:
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比 ...

你好,我自己编写的CONFIG. FIELD. CONTROL这3个文件.运行以后我查看OUTPUT文件感觉没有运行完,不知道哪里出错了.我把CONFIG文件给贴出来
TEST 28: SPC IceVII (432 Molecules) Optimisation

optimise force       1.0
steps               1000
print                  1
stack                 10
stats                  1
timestep           0.001
cutoff               7.0
delr                 0.5
spme precision    1.0E-6
quaternion tolerance   1.0E-6

job time       1000000.0
close time         100.0

finish
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20楼2010-03-06 10:48:23
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