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安群星

新虫 (初入文坛)

[求助] 一对引物扩增,出现两条带 已有5人参与

大家好,小弟最近碰到问题,请大家帮帮忙解决一下。情况是这样的,我用的是Takara的一个载体,在载体上连接了我的目的片段1200bp左右。转化后,用该载体的通用引物扩增,出现了两条带,一条1200bp左右(可能就是我的目的带),一条3000bp左右,且这两条带都很暗。同时,我又用我目的片段的引物扩增,只出现大小相符的目的带。送去测序,引物为目的基因引物时,测序结果与我的目的基因序列相符,证明目的基因是插进去了;但当我用载体的通用引物测序时,就测不出来了。我也尝试胶回收3000bp处的条带链接T载体测序,但由于条带很暗,胶回收后浓度很低,与T载体链接没有成功。请各位大侠帮我分析下。不甚感激
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安群星

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yujiaping1 at 2016-12-26 15:22:09
你的通用引物和载体全部序列Blast一下,显然有两个结合位点,不然空载不应该出两条带,排除空载体两条带的问题,你后续的实验才能解决。不过你测序的结果(3000多的)如果能比对到完整的序列,且插入位点正确,那么 ...

非常感谢您的回答。
可能我的表述不是很清楚。是这样的,我有一段目的片段,用两端带有酶切位点的引物扩增,然后将PCR产物连接入T载体。这时测序是拿的我扩增的引物测序的(那时候觉得用扩增引物测序也是可以的),测序结果表明有我的目的条带,序列正确。然后,我开始表达载体的构建,双酶切构建的T载质粒,回收大小符合的目的片段,与经双酶切的表达载体做连接转化,挑取了两株阳性克隆(这是用菌落PCR鉴定的,用的引物也是目的片段的引物),这时,诡异的出现了,若用目的片段扩增引物扩增阳性转化子质粒,出现一条带(条带很明显),若用表达载体的通用引物去扩增,则出现两条带(一条3000bp左右,一条1500bp左右,我的目的条带大小是1100bp左右,通用引物中间序列300bp左右),拿转化子质粒测序,通用引物测不出来,目的片段扩增引物能测出来。就是这样的,不知道哪里出现问题。望大家帮忙想想办法,非常感谢。
构建了不止两次,只有两次构建长出了阳性克隆,挑出的转化子都是这种情况。
9楼2016-12-29 11:54:03
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winyuyuyu123

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-12-02 21:28:17
污染了,挑菌时挑的不是单菌落,或者转化时一个菌里边转进去两个质粒。
出现你那种现象的原因:
通用引物会同时结合两个载体,因此你扩增会出现两条带,测序的话也会出现杂峰导致测不出来。
用你自己的引物只结合你的目标载体,所以只能扩增一条带,测序也能正常测出。
解决方案:
1:现有菌液稀释涂板或平板划线,重新挑取单菌落摇菌培养。
2:若上述方法无法解决,可能是转入多个质粒,重做连接或吧之前做转化的平板拿来重新挑单菌落检测。
2楼2016-11-29 09:05:31
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安群星

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by winyuyuyu123 at 2016-11-29 09:05:31
污染了,挑菌时挑的不是单菌落,或者转化时一个菌里边转进去两个质粒。
出现你那种现象的原因:
通用引物会同时结合两个载体,因此你扩增会出现两条带,测序的话也会出现杂峰导致测不出来。
用你自己的引物只结合 ...

首先,非常感谢您的回答。
我后面又新提空载质粒,拿载体的通用引物去扩增,也是扩增出两条带。一条是300bp左右(这个跟空载序列信息符合),一条是进1500bp条带(这条不知道怎么来的),不知道是怎么回事。引物是新用的一管引物,不会有污染。引物是按载体说明书上标注的测序引物序列合成,照理说应该不会特异性不好吧?
3楼2016-12-01 11:50:13
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Alice 2016

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

会不会是你的引物不特异,把载体上面的片段扩出来了呀,你可以把你的引物拿去NCBI上blast一下
怕什么真理无穷,进一寸有一寸的欢喜
4楼2016-12-02 16:51:45
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