我弄了一个文件把序列全都放进去了，然后去blast跑，但是跑了三个小时还没有出来，blast能同一时间比对多个数据吗？

所有的序列是可以放在一起建树的，比对的时间长短和序列个数和长度有关系，如果序列条数太多，可以分开比对后合并

那我看视频是一个自己的序列，然后他选了十几个比对的序列，做了一个树，我这有一百多个自己的序列，到时候怎么选他对比的那个序列呢？

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我那样跑的结果是没出来，是不是得单个的在blast比较，然后再自己把数据整合到一起再建树

一百多个序列是有点多，你可以分批比对，比如每次只比对10-20个，最后汇总所有结果