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求学路上的人

新虫 (初入文坛)

[求助] 已经有多种菌的16s序列,怎么确定种类,建进化树已有1人参与

有百多个序列,老师让把它们建个进化树,这些能健在一个树里吗,需要怎么操作啊!求大佬指点迷津

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求学路上的人

新虫 (初入文坛)

我弄了一个文件把序列全都放进去了,然后去blast跑,但是跑了三个小时还没有出来,blast能同一时间比对多个数据吗?

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2楼2021-07-06 15:01:48
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小冀-

版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
所有的序列是可以放在一起建树的,比对的时间长短和序列个数和长度有关系,如果序列条数太多,可以分开比对后合并
···
3楼2021-07-06 15:17:02
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)

那我看视频是一个自己的序列,然后他选了十几个比对的序列,做了一个树,我这有一百多个自己的序列,到时候怎么选他对比的那个序列呢?

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4楼2021-07-06 15:25:27
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)

我那样跑的结果是没出来,是不是得单个的在blast比较,然后再自己把数据整合到一起再建树

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5楼2021-07-06 15:55:21
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

一百多个序列是有点多,你可以分批比对,比如每次只比对10-20个,最后汇总所有结果
···
6楼2021-07-06 16:14:58
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