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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 已经有多种菌的16s序列，怎么确定种类，建进化树
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)

[求助] 已经有多种菌的16s序列，怎么确定种类，建进化树 已有1人参与

有百多个序列，老师让把它们建个进化树，这些能健在一个树里吗，需要怎么操作啊！求大佬指点迷津

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1楼 2021-07-06 14:59:58
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)
我弄了一个文件把序列全都放进去了，然后去blast跑，但是跑了三个小时还没有出来，blast能同一时间比对多个数据吗？

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2楼2021-07-06 15:01:48
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
所有的序列是可以放在一起建树的，比对的时间长短和序列个数和长度有关系，如果序列条数太多，可以分开比对后合并
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···
3楼2021-07-06 15:17:02
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)
那我看视频是一个自己的序列，然后他选了十几个比对的序列，做了一个树，我这有一百多个自己的序列，到时候怎么选他对比的那个序列呢？

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4楼2021-07-06 15:25:27
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求学路上的人

新虫 (初入文坛)
我那样跑的结果是没出来，是不是得单个的在blast比较，然后再自己把数据整合到一起再建树

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5楼2021-07-06 15:55:21
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

一百多个序列是有点多，你可以分批比对，比如每次只比对10-20个，最后汇总所有结果
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···
6楼2021-07-06 16:14:58
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