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求助跑胶老在孔里是啥原因啊

作者 喵七姑娘
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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之前跑胶没有问题,怎么最近老出现在孔里很亮的现象啊,第3,4孔,有知道的小伙伴吗?拜托了

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  • 精华评论
  • 原海亮

    首先,你应该分析的是,经常出现这样异常现象是哪一类样品?是pcr产物?是质粒酶切?是基因组DNA?还是无论什么样品都会出现这种现象呢?

           因为不知道你有问题的样品是什么,但从你的胶图上看,marker和其他样品均还是可以正常的迁移,证明琼脂糖凝胶应该没大问题(为保险也可所有缓冲液都换新的 尝试)。

           那么推测,你最近出现这种现象的样品应该是只有某一种类型的样品,而且大概率是抽提的质粒或者基因组DNA,比如3/4泳道的问题,大概率是你上样样品本身的问题,可以考虑是不是样品提取处理的时候,有一些溶剂的残留或者蛋白质的残留,可以多加一步除蛋白的步骤,降低样品粘度,应该会有一些缓解。

           同时,如果你的样品本身分子量就比较大,比如基因组DNA,迁移速度很慢的,就有可能在你marker或其他小分子样品已经分布开时,这类大分子的样品还停留在样品孔附近,按照大分子迁移慢的逻辑,这属于正常的现象。当然如果想解决这类大分子DNA检测问题,你可以尝试降低一些琼脂糖凝胶的浓度(浓度高分辨率高,但不利于大分子分离,应根据样品的大小选择合适浓度),增加一下胶的长度和电泳时间,这样有助于大分子DNA的迁移分离,同时适当降低上样量可能会拿到一个相对漂亮一些的结果。

           祝好,

  • 喵七姑娘

    是质粒和基因组扩增都出现过这种情况

  • abcjlm

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 喵七姑娘 at 2021-06-04 14:20:13
    是质粒和基因组扩增都出现过这种情况

    要考虑一下蛋白和RNA污染

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