个人观点，理论上，a表达变了，b应该也会变，但不是绝对的。首先，我们做体外验证只是体外实验，是有假阳性的，所以体内真实的调控关系不能完全确定，所以我们不能据此下定论，即便我们用多个实验证明它们之间的物理互作关系。其次，互作可能会牵涉其它辅因子，单独调控一个，可能也会无济于事。另外，功能冗余也是需要考虑的，所以敲除的方法可能没有超表达效果好。当然，这是理论，具体情况还要根据实验结果去验证，去论证一个故事。至于调控前者对后者表达的影响，这完全取决于他们之间是激活还是抑制关系。最后一个问题，也不是绝对的，理论上不会反过来影响上游的表达，但有一个词叫反馈调节，大概也提供了这种可能吧，也需要验证。生命科学就是这样的吧，说不清道不明的。静待其他道友解答。

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想问大家一个问题，A是转录因子，B是与其互作的下游靶基因。。那么，我想问，做A的过表达或沉默株系，B的表达量一定会发生变化的，是吗？那么这种变化是如何的，A过表达，B表达量提高还是下降；A沉默，B表达量提高还是下降？我还想问，做B的过表达或沉默株系，A的表达量会发生变化吗？

我复制下来回答你。A是转录因子，A促进B表达，如果B的表达量本身低。A过表达，一般情况B上调。A抑制B，如果B的表达量本身高。A过表达，一般情况B下调。如果B会反过来影响A，B改变，那么A从理论上来说也会变好，变好情况同上一致，如果B不能影响A，B变化，A不受影响。