不知道顶顶有没有用，有大佬指点一下吗

如果有公司要是能帮忙合成一下，也可以联系一下我，

如果你们自己合成的染料可以修饰羧基的话，那么有可能标记上磷酸基，比如用EDC催化氨基可以和磷酸基在水溶液中反应
合成的时候让他们加上个磷酸基就可以了，一般情况下如果你什么都不说的话，合成出的DNA的5'和3'都是OH

另外，合成DNA的时候也可以让公司带上一个叠氮或炔烃，然后你们把自己的染料改造一下加上对应的基团，用点击反应偶联上。
猜想如果荧光染料是你们自己合成的话，你们实验室应该具有一定的化学合成基础，这种改造不在话下。