体外发酵的厌氧环境以及菌群问题,求解!
我最近要取人的粪便和我的样品一起发酵,测定样品对菌群多样性的影响,有一些问题不懂,希望大家帮忙解答一下,感谢!
1. 因为实验室内没有厌氧工作站,粪便称量,溶解,用纱布过滤等过程只能在空气中进行,请问会不会造成菌群的死亡呢?
2. 到了时间,取出的培养液,应该怎么停止反应呢?我看有文献打开瓶口冷水浴,但如果没了厌氧环境菌群就死亡不反应,那我之前的操作不就已经造成菌群死亡了吗?还有的加入乙腈,我不明白这个的原理,以及加乙腈会不会对我后续提取DNA有影响?
3. 我看的文献上大多都是,培养液离心,要沉淀,从沉淀里提DNA,再送出去检测;但我总觉得我的样品应该不会有很多沉淀,毕竟都是溶于水的东西。也看到过一篇文献取的上清液;想请问这个的原理是什么呢?
4. 我还要测每个时间点取出的培养液中活性成分含量,这一过程比较纠结计算问题:总共50mL液体(含500mg样品),每一个时间点取出10mL,比如第一次取出的10mL中,含量为a mg/mL,如果换算成mg/mg,能计算为 a*50/500 吗?因为不是一个时间点一个管子,而是一个管子往外取,不知道这样计算准确性可以吗?
马上就开始做了,但很害怕因为操作不当,导致菌群都死了,送出去检测不出结果,还花了一大笔钱,麻烦大家帮忙解答一下,感谢!!!
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1.粪便里面的菌群有很多种,正常称量就可以,没那么容易死,如果担心,可以放个冰盒,保持低温称取;
2.到了时间停止反应,敞开瓶口冰浴不只是通氧,还有通过低温使菌体代谢降低而停止反应,如果要后续提取DNA先要看看你的提取方法对样品有什么限制,一般冰水浴,保持低温,尽快提取;
3.你的培养液中最好都是水溶物,因为培养后离心下来的是菌体,正是你要测的菌群;
4.如果能够保证样品培养液的均匀,这样做应该是没什么问题的,但是你以50mL为基础量,每次取10mL对你的培养体系影响应该挺大的,可以扩大体系或者减小取样量会好一点,或者还是统一配制接种后再分装
你用离心管装满液体为什么要躺着放,如果管子里面还有空气的话这样不是加大了液面与空气的接触范围吗;如果你要绝对无氧的环境的话用厌氧培养箱会方便很多,但是如果不是要绝对无氧的环境的话就这样操作,然后尽量排空管内空气,并保证液面面积尽量小,你师姐用针管就是这个道理,你可以试试你的管子不要盖太紧,用密封厌氧罐加产气包,配合里面放蜡烛或者可以燃的东西点燃然后密封,可以消耗里面的氧气
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