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多条基因序列方向判断

作者 mahoumeimei
来源: 小木虫 550 11 举报帖子
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请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列,请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗?以至于后面做OTU分析时,不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • mahoumeimei

    引用回帖:
    8楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 16:26:20
    1)请贴比对信息截图
    2)正负链不影响差异...

    序列有点长,这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。
    多条基因序列方向判断
    比对结果部分截图.jpg

  • Creek0501

    引用回帖:
    9楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 16:43:47
    序列有点长,这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。

    比对结果部分截图.jpg
    ...

    可以用blast比对

  • mahoumeimei

    引用回帖:
    10楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 17:08:59
    可以用blast比对...

    哦~~~知道了。多条序列一起BLAST,根据这个plus/plus来判断正负链是否一致是吧?
    get了。多谢多谢呀!
    多条基因序列方向判断-1
    NCBI比对.jpg


  • Creek0501

    引用回帖:
    11楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 17:30:02
    哦~~~知道了。多条序列一起BLAST,根据这个plus/plus来判断正负链是否一致是吧?
    get了。多谢多谢呀!

    NCBI比对.jpg
    ...

    对滴

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