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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多条基因序列方向判断
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 多条基因序列方向判断

请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列，请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗？以至于后面做OTU分析时，不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。
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1楼 2020-09-16 11:40:39
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧
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2楼2020-09-17 09:30:24
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-17 09:30:24
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧

谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如果是正负链混在一起比对时，那我不是很难看出来序列之间哪些地方相同，那些地方有差异？
不知道我有没有表述清楚我的意思？
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3楼2020-09-17 22:07:31
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-17 22:07:31
谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如 ...

1）确定基因序列在基因组上的正负链情况，可以查询这个基因的基本信息，还可以将其与基因组进行比对获得信息
2）在序列对比时，会考虑互补链的情况
3）比对结果中，会有不一致的区域/碱基的信息，以blast的结果为例，一致的碱基用竖线连接，gap用-表示，不一致的碱基也一目了然
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4楼2020-09-18 08:57:52
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 08:57:52
1）确定基因序列在基因组上的正负链情况，可以查询这个基因的基本信息，还可以将其与基因组进行比对获得信息
2）在序列对比时，会考虑互补链的情况
3）比对结果中，会有不一致的区域/碱基的信息，以blast的结果为 ...

非常感谢你的回复！
我现在的情况是，我下载了多条序列，需要通过软件比对找到这些序列之间的相同区域以及差异区域。但是如果我比对时这些序列是正负链混在一起的，那么软件只是客观地显示出这些序列的比对结果（我用的mega软件比对），并不会自动在比对过程中调整序列成为正链/负链。而我也不清楚这些序列中哪些是正链/负链，所以就无法正确获得相同/差异区域。
你建议的第一点，说将其与基因组进行比对获得信息，这对于我下载的多条序列来说，好像操作起来不是太合适呢（或者我没有理解你说的操作步骤？）。查询这个基因的基本信息，是哪个信息点会显示出正负链呢？我好像在序列页面没看到相关信息耶。
还望指教！多谢多谢多谢！
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5楼2020-09-18 14:22:44
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
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5楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 14:22:44
非常感谢你的回复！
我现在的情况是，我下载了多条序列，需要通过软件比对找到这些序列之间的相同区域以及差异区域。但是如果我比对时这些序列是正负链混在一起的，那么软件只是客观地显示出这些序列的比对结果（ ...

1）我没有实操过MEGA，确实很多多序列比对软件在比对过程中并不会自动调整序列的正负链
2）假如你共有N条基因序列，可以以第一条为Ref，剩下的N-1条与其进行Blast（或其他软件）比对，根据比对结果，决定基因序列是否需要用互补链
3）经过上一步操作后，再进行多序列比对就不存在上述问题了
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6楼2020-09-18 15:45:31
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 15:45:31
1）我没有实操过MEGA，确实很多多序列比对软件在比对过程中并不会自动调整序列的正负链
2）假如你共有N条基因序列，可以以第一条为Ref，剩下的N-1条与其进行Blast（或其他软件）比对，根据比对结果，决定基因序列 ...

我现在就是以第一条为Ref，剩下的N-1条和它进行比对，但是从比对结果中我看不出来正负链信息。有些序列之间可能本来差异就比较大，所以我分不清这种序列差异是正负链导致的、还是序列本身就差异较大。
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7楼2020-09-18 16:18:51
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 16:18:51
我现在就是以第一条为Ref，剩下的N-1条和它进行比对，但是从比对结果中我看不出来正负链信息。有些序列之间可能本来差异就比较大，所以我分不清这种序列差异是正负链导致的、还是序列本身就差异较大。...

1）请贴比对信息截图
2）正负链不影响差异
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8楼2020-09-18 16:26:20
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 16:26:20
1）请贴比对信息截图
2）正负链不影响差异...

序列有点长，这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。
多条基因序列方向判断
比对结果部分截图.jpg
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9楼2020-09-18 16:43:47
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 16:43:47
序列有点长，这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。

比对结果部分截图.jpg
...

可以用blast比对
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10楼2020-09-18 17:08:59
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