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mahoumeimei金虫 (小有名气)
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[求助]
多条基因序列方向判断
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请教一个小白问题。 我从NCBI上下载了一批基因序列，请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗？以至于后面做OTU分析时，不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。 |
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mahoumeimei
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3楼2020-09-17 22:07:31
2楼2020-09-17 09:30:24
4楼2020-09-18 08:57:52
mahoumeimei
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非常感谢你的回复！ 我现在的情况是，我下载了多条序列，需要通过软件比对找到这些序列之间的相同区域以及差异区域。但是如果我比对时这些序列是正负链混在一起的，那么软件只是客观地显示出这些序列的比对结果（我用的mega软件比对），并不会自动在比对过程中调整序列成为正链/负链。而我也不清楚这些序列中哪些是正链/负链，所以就无法正确获得相同/差异区域。 你建议的第一点，说将其与基因组进行比对获得信息，这对于我下载的多条序列来说，好像操作起来不是太合适呢（或者我没有理解你说的操作步骤？）。查询这个基因的基本信息，是哪个信息点会显示出正负链呢？我好像在序列页面没看到相关信息耶。 还望指教！多谢多谢多谢！ |
5楼2020-09-18 14:22:44