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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 多条基因序列方向判断

请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列,请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗?以至于后面做OTU分析时,不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 08:57:52
1)确定基因序列在基因组上的正负链情况,可以查询这个基因的基本信息,还可以将其与基因组进行比对获得信息
2)在序列对比时,会考虑互补链的情况
3)比对结果中,会有不一致的区域/碱基的信息,以blast的结果为 ...

非常感谢你的回复!
我现在的情况是,我下载了多条序列,需要通过软件比对找到这些序列之间的相同区域以及差异区域。但是如果我比对时这些序列是正负链混在一起的,那么软件只是客观地显示出这些序列的比对结果(我用的mega软件比对),并不会自动在比对过程中调整序列成为正链/负链。而我也不清楚这些序列中哪些是正链/负链,所以就无法正确获得相同/差异区域。
你建议的第一点,说将其与基因组进行比对获得信息,这对于我下载的多条序列来说,好像操作起来不是太合适呢(或者我没有理解你说的操作步骤?)。查询这个基因的基本信息,是哪个信息点会显示出正负链呢?我好像在序列页面没看到相关信息耶。
还望指教!多谢多谢多谢!
5楼2020-09-18 14:22:44
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)

是不是想确认基因在基因组上的正负链信息?基因序列都是5'~3'的,且比对的时候考虑了互补配对情况,对OTU分析没影响吧
2楼2020-09-17 09:30:24
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-17 09:30:24
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息?基因序列都是5'~3'的,且比对的时候考虑了互补配对情况,对OTU分析没影响吧

谢谢回复啊!
是的,我就是想确定正负链。
然后,OTU分析时,正负链不影响分析结果的吗?我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链,正负链混在一起,结果就会出错。
另外,就算不影响OTU分析结果,如果是正负链混在一起比对时,那我不是很难看出来序列之间哪些地方相同,那些地方有差异?
不知道我有没有表述清楚我的意思?
3楼2020-09-17 22:07:31
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-17 22:07:31
谢谢回复啊!
是的,我就是想确定正负链。
然后,OTU分析时,正负链不影响分析结果的吗?我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链,正负链混在一起,结果就会出错。
另外,就算不影响OTU分析结果,如 ...

1)确定基因序列在基因组上的正负链情况,可以查询这个基因的基本信息,还可以将其与基因组进行比对获得信息
2)在序列对比时,会考虑互补链的情况
3)比对结果中,会有不一致的区域/碱基的信息,以blast的结果为例,一致的碱基用竖线连接,gap用-表示,不一致的碱基也一目了然
4楼2020-09-18 08:57:52
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