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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多条基因序列方向判断
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 多条基因序列方向判断

请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列，请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗？以至于后面做OTU分析时，不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。
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1楼2020-09-16 11:40:39
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 16:18:51
我现在就是以第一条为Ref，剩下的N-1条和它进行比对，但是从比对结果中我看不出来正负链信息。有些序列之间可能本来差异就比较大，所以我分不清这种序列差异是正负链导致的、还是序列本身就差异较大。...

1）请贴比对信息截图
2）正负链不影响差异
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8楼2020-09-18 16:26:20
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧
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2楼2020-09-17 09:30:24
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-17 09:30:24
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧

谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如果是正负链混在一起比对时，那我不是很难看出来序列之间哪些地方相同，那些地方有差异？
不知道我有没有表述清楚我的意思？
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3楼2020-09-17 22:07:31
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-17 22:07:31
谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如 ...

1）确定基因序列在基因组上的正负链情况，可以查询这个基因的基本信息，还可以将其与基因组进行比对获得信息
2）在序列对比时，会考虑互补链的情况
3）比对结果中，会有不一致的区域/碱基的信息，以blast的结果为例，一致的碱基用竖线连接，gap用-表示，不一致的碱基也一目了然
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4楼2020-09-18 08:57:52
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