应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多条基因序列方向判断
51/1返回列表
查看: 3515  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者mahoumeimei将赠送您 20 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 多条基因序列方向判断

请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列，请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗？以至于后面做OTU分析时，不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-09-16 11:40:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-18 16:43:47
序列有点长，这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。

比对结果部分截图.jpg
...

可以用blast比对
赞一下 回复此楼
10楼2020-09-18 17:08:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

Creek0501

铜虫 (初入文坛)
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧
赞一下 回复此楼
2楼2020-09-17 09:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-17 09:30:24
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧

谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如果是正负链混在一起比对时，那我不是很难看出来序列之间哪些地方相同，那些地方有差异？
不知道我有没有表述清楚我的意思？
赞一下 回复此楼
3楼2020-09-17 22:07:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-17 22:07:31
谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如 ...

1）确定基因序列在基因组上的正负链情况，可以查询这个基因的基本信息，还可以将其与基因组进行比对获得信息
2）在序列对比时，会考虑互补链的情况
3）比对结果中，会有不一致的区域/碱基的信息，以blast的结果为例，一致的碱基用竖线连接，gap用-表示，不一致的碱基也一目了然
赞一下 回复此楼
4楼2020-09-18 08:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭