应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多条基因序列方向判断
51/1返回列表
查看: 3101  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者mahoumeimei将赠送您 20 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 多条基因序列方向判断

请教一个小白问题。
我从NCBI上下载了一批基因序列，请问有什么方法可以迅速判断这些序列的方向性吗？以至于后面做OTU分析时，不会因为序列方向相反而出现错误的OTU分组结果。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-09-16 11:40:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-18 16:26:20
1）请贴比对信息截图
2）正负链不影响差异...

序列有点长，这是MEGA比对结果的部分位置截图。第一条是Ref序列。
多条基因序列方向判断
比对结果部分截图.jpg
赞一下 回复此楼
9楼2020-09-18 16:43:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

Creek0501

铜虫 (初入文坛)
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧
赞一下 回复此楼
2楼2020-09-17 09:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-17 09:30:24
是不是想确认基因在基因组上的正负链信息？基因序列都是5'~3'的，且比对的时候考虑了互补配对情况，对OTU分析没影响吧

谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如果是正负链混在一起比对时，那我不是很难看出来序列之间哪些地方相同，那些地方有差异？
不知道我有没有表述清楚我的意思？
赞一下 回复此楼
3楼2020-09-17 22:07:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2020-09-17 22:07:31
谢谢回复啊！
是的，我就是想确定正负链。
然后，OTU分析时，正负链不影响分析结果的吗？我一直以为OTU分析时都应该是统一的正链或统一的负链，正负链混在一起，结果就会出错。
另外，就算不影响OTU分析结果，如 ...

1）确定基因序列在基因组上的正负链情况，可以查询这个基因的基本信息，还可以将其与基因组进行比对获得信息
2）在序列对比时，会考虑互补链的情况
3）比对结果中，会有不一致的区域/碱基的信息，以blast的结果为例，一致的碱基用竖线连接，gap用-表示，不一致的碱基也一目了然
赞一下 回复此楼
4楼2020-09-18 08:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭