用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失，在Gaussview里无法打开。
输入文件：
%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge test
absorption
0 1 0 1 0 1
C 26.8564499443,11.2974579201,22.535374973 L
C 26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631 L
C 25.079756231,12.9545921491,22.2751903325 L
C 24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214 L
C 24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816 L
C 25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336 L
H 27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637 L
中间略到好多原子
C 33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507 L
H 34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632 L
H 34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853 L
C 33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849 L
O 33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806 L
O 32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726 L
C H N O 0
6-31G**
****
Ir 0
LANL2DZ
****
Ir 0
LANL2DZ
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京公网安备 11010802022153号
个人觉得是你内存设的太小了
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基态分子轨道的信息 并没有什么特殊之处
谢谢老师 我加了环境变量还是报错
[youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80
rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8 00002b4517b60ac0
r9 00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206
r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001
r15 0000000000000000
/lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0]
/lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547]
formchk() [0x497ec9]
formchk() [0x46f560]
formchk() [0x46b8af]
formchk() [0x453755]
formchk() [0x4516a8]
formchk() [0x450af4]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445]
formchk() [0x4509e9]
Aborted
这种错误一般要么是 1. formchk命令调用的版本不是当前计算出chk的高斯使用的版本。必须完全一致才可以
2. chk文件本身有问题。 这个就再算一次单点能就可以了。td 的chk文件本身含有的波函数信息就是基态的，你重新计算一次单点能就可以 不用重新算一次TD这样省时间。
3. 高斯当前的版本有bug，换个别的版本的高斯。
重算了一次，用新的chk转化的时候出现了下面的错误
[youxx@mu01 host-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 host-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 host-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 host-abs]$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Read checkpoint file packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Write formatted file packing1_host_abs-a_ONIOM.fchk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 14:00:18 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000002912b, rsp 00007ffd1497a6d8, rbp 00007ffd1497a730
rsi 000000000000000b, rdi 000000000002912b, r8 00002b17996d2ac0
r9 00002b17996d2ac0, r10 00007ffd14979ae0, r11 0000000000000206
r12 0000000003a8bf68, r13 0000000003a8bf60, r14 0000000003a8bf50
r15 0000000000000002
/lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b17998a86d0]
/lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b1799ded547]
formchk() [0x497ec9]
formchk() [0x46f560]
formchk() [0x46b8af]
formchk() [0x48e188]
formchk() [0x48cf51]
formchk() [0x453731]
formchk() [0x4516a8]
formchk() [0x450af4]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1799dd9445]
formchk() [0x4509e9]
Aborted
，
输出文件 .log 发上来看看
好的 已上传