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用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?

作者 youxx189
来源: 小木虫 1050 21 举报帖子
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用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失,在Gaussview里无法打开。


输入文件:

%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge  test

absorption

0 1 0 1 0 1
C        26.8564499443,11.2974579201,22.535374973        L
C        26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631       L
C        25.079756231,12.9545921491,22.2751903325        L
C        24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214       L
C        24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816       L
C        25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336       L
H        27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637       L
中间略到好多原子
C        33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507       L
H        34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632       L
H        34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853       L
C        33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849       L
O        33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806       L
O        32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726       L

C H N O 0
6-31G**
****
Ir 0
LANL2DZ
****

Ir 0
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  • 精华评论
  • paramecium86

    引用回帖:
    8楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 02:22:09
    好的   已上传...

    你的输出文件明明显示是用G16 C01计算的。但是你为什么要加载G16 A03去进行formchk? 这肯定不行的呀。你要注意版本 要  一模一样

  • youxx189

    引用回帖:
    9楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 16:00:13
    你的输出文件明明显示是用G16 C01计算的。但是你为什么要加载G16 A03去进行formchk? 这肯定不行的呀。你要注意版本 要  一模一样。...

    非常感谢老师,我一定铭记于心!
    chk文件已转换成fchk文件
    fchk文件用GaussView打开,显示有问题,请问这是什么原因啊?
    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?
    1592817157(1).jpg

  • paramecium86

    引用回帖:
    10楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 04:18:06
    非常感谢老师,我一定铭记于心!
    chk文件已转换成fchk文件
    fchk文件用GaussView打开,显示有问题,请问这是什么原因啊?

    1592817157(1).jpg
    ...

    这是因为你用的GV6.06版本去打开 G16 C.01 计算出来的fchk就会出现此类错误。原则上你应该用最新的GV6.11版本才可以正常打开。
    但是这个问题不是没法抢救一下。
    在这个弹出错误窗口后, 你需要点了ok之后选择用记事本打开这个文件。这时候就会定位到出错的那行。你会看到写着 MM Charges 的地方。这时候你需要把 最后的那个s删掉 然后记得一定要打一个空格代替那个s的位置, 也就是 把 MM charges 变成 MM charge   保存就可以了 然后再打开就可以了。

  • youxx189

    引用回帖:
    11楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 20:37:46
    这是因为你用的GV6.06版本去打开 G16 C.01 计算出来的fchk就会出现此类错误。原则上你应该用最新的GV6.11版本才可以正常打开。
    但是这个问题不是没法抢救一下。
    在这个弹出错误窗口后, 你需要点了ok之后选择用记 ...

    好的,非常感谢老师!

    我进行操作之后是显示关键词错误,想请教一下这怎么解决啊,谢谢老师!
    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?-1
    1592898772(1).jpg

  • paramecium86

    引用回帖:
    12楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-23 02:56:27
    好的,非常感谢老师!

    我进行操作之后是显示关键词错误,想请教一下这怎么解决啊,谢谢老师!

    1592898772(1).jpg
    ...

    我算了一下 转换过程如动图 没有问题可以打开. 而且转换完的文件开头如图2 。不知道你这截图里的那行关键词哪里来的
    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?-2
    修改fchk.gif


    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?-3
    图2

  • youxx189

    引用回帖:
    13楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-23 16:52:35
    我算了一下 转换过程如动图 没有问题可以打开. 而且转换完的文件开头如图2 。不知道你这截图里的那行关键词哪里来的

    修改fchk.gif

    图2
    ...

    谢谢老师,我把关键词那行都删了 同时按照您的方法改就解决了!

    谢谢老师的指点,辛苦啦!

  • 理论计算萌新

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 14:02:45
    这种错误一般要么是 1. formchk命令调用的版本不是当前计算出chk的高斯使用的版本。必须完全一致才可以
                                    2. chk文件本身有问题。 这个就再算一次单点能就可以了。td 的chk文件本 ...

    借一下楼,老师您好,我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据,我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算,我之前是把qm分子坐标拿出来做,但明显不对,这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结果,图二是之前单独拿出qm分子算的单点计算,明显不对。要怎样写命令和输入文件才可以,我刚接触计算不久,还请老师多多指点,感谢!
    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?-4
    图二.png


    用ONIOM关键词算吸收,请问可以看分子轨道吗?-5
    图一.png


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