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用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？ 已有1人参与
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用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失，在Gaussview里无法打开。 输入文件： %chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk %nprocshared=20 %mem=12000MB #p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge test absorption 0 1 0 1 0 1 C 26.8564499443,11.2974579201,22.535374973 L C 26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631 L C 25.079756231,12.9545921491,22.2751903325 L C 24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214 L C 24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816 L C 25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336 L H 27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637 L 中间略到好多原子 C 33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507 L H 34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632 L H 34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853 L C 33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849 L O 33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806 L O 32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726 L C H N O 0 6-31G** **** Ir 0 LANL2DZ **** Ir 0 LANL2DZ |
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谢谢老师 我加了环境变量还是报错 [youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01 [youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03 [youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000 [youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk Missing data for FChkPn. Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80 rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8 00002b4517b60ac0 r9 00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206 r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001 r15 0000000000000000 /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0] /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547] formchk() [0x497ec9] formchk() [0x46f560] formchk() [0x46b8af] formchk() [0x453755] formchk() [0x4516a8] formchk() [0x450af4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445] formchk() [0x4509e9] Aborted |
4楼2020-06-22 13:40:46
paramecium86
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5楼2020-06-22 14:02:45
paramecium86
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首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的 发自小木虫IOS客户端 |
16楼2020-09-03 18:12:17
paramecium86
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首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的 发自小木虫IOS客户端 |
17楼2020-09-03 18:12:23
wzhsun
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2楼2020-06-22 11:38:10
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如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基态分子轨道的信息 并没有什么特殊之处 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2020-06-22 12:03:37
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重算了一次，用新的chk转化的时候出现了下面的错误 [youxx@mu01 host-abs]$ module unload gauss/g09d01 [youxx@mu01 host-abs]$ module load gauss/g16a03 [youxx@mu01 host-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000 [youxx@mu01 host-abs]$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk Read checkpoint file packing1_host_abs-a_ONIOM.chk Write formatted file packing1_host_abs-a_ONIOM.fchk Illegal MolTyp in RwMol1. Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 14:00:18 2020. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff rdx 000000000002912b, rsp 00007ffd1497a6d8, rbp 00007ffd1497a730 rsi 000000000000000b, rdi 000000000002912b, r8 00002b17996d2ac0 r9 00002b17996d2ac0, r10 00007ffd14979ae0, r11 0000000000000206 r12 0000000003a8bf68, r13 0000000003a8bf60, r14 0000000003a8bf50 r15 0000000000000002 /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b17998a86d0] /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b1799ded547] formchk() [0x497ec9] formchk() [0x46f560] formchk() [0x46b8af] formchk() [0x48e188] formchk() [0x48cf51] formchk() [0x453731] formchk() [0x4516a8] formchk() [0x450af4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1799dd9445] formchk() [0x4509e9] Aborted |
6楼2020-06-22 14:04:10
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2020-06-22 15:21:45, 883.99 K
8楼2020-06-22 15:22:09
paramecium86
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