| 查看: 3977 | 回复: 21 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者youxx189将赠送您 10 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？ 已有1人参与
|
|||
|
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失，在Gaussview里无法打开。 输入文件： %chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk %nprocshared=20 %mem=12000MB #p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge test absorption 0 1 0 1 0 1 C 26.8564499443,11.2974579201,22.535374973 L C 26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631 L C 25.079756231,12.9545921491,22.2751903325 L C 24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214 L C 24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816 L C 25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336 L H 27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637 L 中间略到好多原子 C 33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507 L H 34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632 L H 34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853 L C 33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849 L O 33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806 L O 32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726 L C H N O 0 6-31G** **** Ir 0 LANL2DZ **** Ir 0 LANL2DZ |
回复此楼» 猜你喜欢
温州大学新能源材料微观溯源课题组招收2026级博士研究生（材料、化学方向）
已经有6人回复
-
求调剂，本科吉大，一志愿华工339
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有52人回复
-
意大利博洛尼亚大学招聘研究助理2名（2D材料/锂离子与钠离子电池方向）
已经有1人回复
-
关于碳量子点抗菌的研究
已经有14人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
南大化学调剂
已经有11人回复
-
材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流
已经有5人回复
-
26申博
已经有2人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
0703调剂
已经有2人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
重算了一次，用新的chk转化的时候出现了下面的错误 [youxx@mu01 host-abs]$ module unload gauss/g09d01 [youxx@mu01 host-abs]$ module load gauss/g16a03 [youxx@mu01 host-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000 [youxx@mu01 host-abs]$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk Read checkpoint file packing1_host_abs-a_ONIOM.chk Write formatted file packing1_host_abs-a_ONIOM.fchk Illegal MolTyp in RwMol1. Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 14:00:18 2020. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff rdx 000000000002912b, rsp 00007ffd1497a6d8, rbp 00007ffd1497a730 rsi 000000000000000b, rdi 000000000002912b, r8 00002b17996d2ac0 r9 00002b17996d2ac0, r10 00007ffd14979ae0, r11 0000000000000206 r12 0000000003a8bf68, r13 0000000003a8bf60, r14 0000000003a8bf50 r15 0000000000000002 /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b17998a86d0] /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b1799ded547] formchk() [0x497ec9] formchk() [0x46f560] formchk() [0x46b8af] formchk() [0x48e188] formchk() [0x48cf51] formchk() [0x453731] formchk() [0x4516a8] formchk() [0x450af4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1799dd9445] formchk() [0x4509e9] Aborted |
6楼2020-06-22 14:04:10
wzhsun
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 281
- 散金: 50
- 帖子: 140
- 在线: 20小时
- 虫号: 13171742
- 注册: 2018-12-19
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
2楼2020-06-22 11:38:10
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 587 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26383.1
- 红花: 349
- 帖子: 2025
- 在线: 1442小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
|
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基态分子轨道的信息 并没有什么特殊之处 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2020-06-22 12:03:37
|
谢谢老师 我加了环境变量还是报错 [youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01 [youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03 [youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000 [youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk Missing data for FChkPn. Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80 rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8 00002b4517b60ac0 r9 00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206 r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001 r15 0000000000000000 /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0] /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547] formchk() [0x497ec9] formchk() [0x46f560] formchk() [0x46b8af] formchk() [0x453755] formchk() [0x4516a8] formchk() [0x450af4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445] formchk() [0x4509e9] Aborted |
4楼2020-06-22 13:40:46
5