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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
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youxx189

铜虫 (小有名气)

[求助] 用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？已有1人参与

用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失，在Gaussview里无法打开。


输入文件：

%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge  test

absorption

0 1 0 1 0 1
C        26.8564499443,11.2974579201,22.535374973        L
C        26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631       L
C        25.079756231,12.9545921491,22.2751903325        L
C        24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214       L
C        24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816       L
C        25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336       L
H        27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637       L
中间略到好多原子
C        33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507       L
H        34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632       L
H        34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853       L
C        33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849       L
O        33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806       L
O        32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726       L

C H N O 0
6-31G**
****
Ir 0
LANL2DZ
****

Ir 0
LANL2DZ
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1楼2020-06-21 14:58:44
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000  把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基 ...

谢谢老师     我加了环境变量还是报错
[youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8  00002b4517b60ac0
   r9  00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206
   r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001
   r15 0000000000000000
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x453755]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445]
  formchk() [0x4509e9]
Aborted
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4楼2020-06-22 13:40:46
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 00:40:46
谢谢老师     我加了环境变量还是报错
$ module unload gauss/g09d01
$ module load gauss/g16a03
$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1O ...

这种错误一般要么是 1. formchk命令调用的版本不是当前计算出chk的高斯使用的版本。必须完全一致才可以
                                2. chk文件本身有问题。 这个就再算一次单点能就可以了。td 的chk文件本身含有的波函数信息就是基态的，你重新计算一次单点能就可以 不用重新算一次TD这样省时间。
                               3. 高斯当前的版本有bug，换个别的版本的高斯。
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5楼2020-06-22 14:02:45
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 理论计算萌新 at 2020-09-03 04:20:31
借一下楼，老师您好，我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据，我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算，我之前是把qm分子坐标拿出来做，但明显不对，这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结 ...

首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的

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16楼2020-09-03 18:12:17
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 理论计算萌新 at 2020-09-03 04:20:31
借一下楼，老师您好，我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据，我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算，我之前是把qm分子坐标拿出来做，但明显不对，这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结 ...

首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的

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17楼2020-09-03 18:12:23
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wzhsun

新虫 (小有名气)
个人觉得是你内存设的太小了

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2楼2020-06-22 11:38:10
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paramecium86

版主 (著名写手)
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000  把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基态分子轨道的信息 并没有什么特殊之处

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3楼2020-06-22 12:03:37
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000  把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基 ...

重算了一次，用新的chk转化的时候出现了下面的错误

[youxx@mu01 host-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 host-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 host-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 host-abs]$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Read checkpoint file packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Write formatted file packing1_host_abs-a_ONIOM.fchk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 14:00:18 2020.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000002912b, rsp 00007ffd1497a6d8, rbp 00007ffd1497a730
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000002912b, r8  00002b17996d2ac0
   r9  00002b17996d2ac0, r10 00007ffd14979ae0, r11 0000000000000206
   r12 0000000003a8bf68, r13 0000000003a8bf60, r14 0000000003a8bf50
   r15 0000000000000002
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b17998a86d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b1799ded547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x48e188]
  formchk() [0x48cf51]
  formchk() [0x453731]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1799dd9445]
  formchk() [0x4509e9]
Aborted
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6楼2020-06-22 14:04:10
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 01:04:10
重算了一次，用新的chk转化的时候出现了下面的错误

$ module unload gauss/g09d01
$ module load gauss/g16a03
$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
$ formchk packing1_host_abs-a_ONIOM.chk
Read checkpoi ...

输出文件 .log 发上来看看
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7楼2020-06-22 14:27:55
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 14:27:55
输出文件 .log 发上来看看...

好的   已上传
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  • 附件 1 : packing1_host_abs-a_ONIOM.log
    • 2020-06-22 15:21:45, 883.99 K
8楼2020-06-22 15:22:09
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2020-06-22 16:16:19
引用回帖:
8楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 02:22:09
好的   已上传...

你的输出文件明明显示是用G16 C01计算的。但是你为什么要加载G16 A03去进行formchk？ 这肯定不行的呀。你要注意版本 要  一模一样。
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9楼2020-06-22 16:00:13
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 16:00:13
你的输出文件明明显示是用G16 C01计算的。但是你为什么要加载G16 A03去进行formchk？ 这肯定不行的呀。你要注意版本 要  一模一样。...

非常感谢老师，我一定铭记于心！
chk文件已转换成fchk文件
fchk文件用GaussView打开，显示有问题，请问这是什么原因啊？
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
1592817157(1).jpg
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10楼2020-06-22 17:18:06
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