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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 04:18:06
非常感谢老师，我一定铭记于心！
chk文件已转换成fchk文件
fchk文件用GaussView打开，显示有问题，请问这是什么原因啊？

1592817157(1).jpg
...

这是因为你用的GV6.06版本去打开 G16 C.01 计算出来的fchk就会出现此类错误。原则上你应该用最新的GV6.11版本才可以正常打开。
但是这个问题不是没法抢救一下。
在这个弹出错误窗口后， 你需要点了ok之后选择用记事本打开这个文件。这时候就会定位到出错的那行。你会看到写着 MM Charges 的地方。这时候你需要把 最后的那个s删掉 然后记得一定要打一个空格代替那个s的位置， 也就是 把 MM charges 变成 MM charge   保存就可以了 然后再打开就可以了。
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11楼2020-06-22 20:37:46
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 20:37:46
这是因为你用的GV6.06版本去打开 G16 C.01 计算出来的fchk就会出现此类错误。原则上你应该用最新的GV6.11版本才可以正常打开。
但是这个问题不是没法抢救一下。
在这个弹出错误窗口后， 你需要点了ok之后选择用记 ...

好的，非常感谢老师！

我进行操作之后是显示关键词错误，想请教一下这怎么解决啊，谢谢老师！
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
1592898772(1).jpg
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12楼2020-06-23 15:56:27
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-23 02:56:27
好的，非常感谢老师！

我进行操作之后是显示关键词错误，想请教一下这怎么解决啊，谢谢老师！

1592898772(1).jpg
...

我算了一下 转换过程如动图 没有问题可以打开. 而且转换完的文件开头如图2 。不知道你这截图里的那行关键词哪里来的
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-1
修改fchk.gif


用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-2
图2
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youxx189
13楼2020-06-23 16:52:35
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youxx189

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-23 16:52:35
我算了一下 转换过程如动图 没有问题可以打开. 而且转换完的文件开头如图2 。不知道你这截图里的那行关键词哪里来的

修改fchk.gif

图2
...

谢谢老师，我把关键词那行都删了 同时按照您的方法改就解决了！

谢谢老师的指点，辛苦啦！
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14楼2020-06-23 17:57:35
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理论计算萌新

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 14:02:45
这种错误一般要么是 1. formchk命令调用的版本不是当前计算出chk的高斯使用的版本。必须完全一致才可以
                                2. chk文件本身有问题。 这个就再算一次单点能就可以了。td 的chk文件本 ...

借一下楼，老师您好，我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据，我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算，我之前是把qm分子坐标拿出来做，但明显不对，这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结果，图二是之前单独拿出qm分子算的单点计算，明显不对。要怎样写命令和输入文件才可以，我刚接触计算不久，还请老师多多指点，感谢！
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-3
图二.png


用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-4
图一.png
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15楼2020-09-03 17:20:31
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 理论计算萌新 at 2020-09-03 04:20:31
借一下楼，老师您好，我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据，我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算，我之前是把qm分子坐标拿出来做，但明显不对，这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结 ...

首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的

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16楼2020-09-03 18:12:17
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paramecium86

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引用回帖:
15楼: Originally posted by 理论计算萌新 at 2020-09-03 04:20:31
借一下楼，老师您好，我想得到得到激发态的HOMO-LUMO图和数据，我用oniom得到激发态的结果后在怎么做单点计算，我之前是把qm分子坐标拿出来做，但明显不对，这样就无法考虑分子间的作用力。图一是我做的激发态的结 ...

首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱的第一激发态还是发射光谱的第一激发态 (这俩区别就是它们的几何结构不同，吸收光谱的第一激发态就是基态的结构，因为是垂直激发。而发射光谱的第一激发态是激发态自己的能量最低结构 跟基态结构是不同的。) 至于ONIOM算单点能就是一个普通的ONIOM计算 不要加OPT关键词 也别加TD关键词 输入文件里的结构就用你之前优化好的

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17楼2020-09-03 18:12:23
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理论计算萌新

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-09-03 18:12:17
首先你截图这俩先不考虑用不用ONIOM的区别 其中一个是OPT 和 TD一起用也就是你在优化第一激发态的几何结构 而 另一个是在算一个基态的单点能 这俩根本就不挨着。你首先搞清楚你要算的是什么 你要的激发态是吸收光谱 ...

哦哦，谢谢老师给我解答，1.我想做的第一激发态的发射光谱，是不是做完图一就可以了。2.我想做这个分子的HOMO LUMO图，要怎么做，因为这个文件放到gaussview是所有的分子，不知道怎么做QM分子的HOMO-LUMO。还请老师指导，麻烦老师了，感谢！

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18楼2020-09-03 21:03:09
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
18楼: Originally posted by 理论计算萌新 at 2020-09-03 08:03:09
哦哦，谢谢老师给我解答，1.我想做的第一激发态的发射光谱，是不是做完图一就可以了。2.我想做这个分子的HOMO LUMO图，要怎么做，因为这个文件放到gaussview是所有的分子，不知道怎么做QM分子的HOMO-LUMO。还请老师 ...

既然想考虑低层原子对于QM层原子的作用 就还是直接算完ONIOM之后看分子轨道。 而不能是把QM部分拿出来单算一次。大不了你可以让低层用点线模式显示 这样不会挡住你的分子轨道。毕竟分子是一个整体 既然用了ONIOM就会显示出整个分子
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19楼2020-09-03 23:09:12
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理论计算萌新

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
19楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-09-03 23:09:12
既然想考虑低层原子对于QM层原子的作用 就还是直接算完ONIOM之后看分子轨道。 而不能是把QM部分拿出来单算一次。大不了你可以让低层用点线模式显示 这样不会挡住你的分子轨道。毕竟分子是一个整体 既然用了ONIOM就 ...

好的，感谢老师耐心的回答，还有最后一点疑问：就是怎么画这个分子的HOMO-LUMO图，我试着把low layer隐藏后在Gaussview中画，但上面的HOMO-LUMO还是全部的，显示3159。调成单个分子对应的homo（315）轨道后，画不出来。要怎么画。再次感谢老师的回答
用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-5
SE@Q_YXRK3GH3BK_K~AR]CC.png


用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？-6
RY9%5%28{9$@Q4LLI8`VY8I.png
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20楼2020-09-04 09:01:15
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