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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？
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youxx189

铜虫 (小有名气)

[求助] 用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？ 已有1人参与

用ONIOM关键词算吸收，请问可以看分子轨道吗？得到的chk文件转化成fchk文件会造成数据丢失，在Gaussview里无法打开。


输入文件：

%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge  test

absorption

0 1 0 1 0 1
C        26.8564499443,11.2974579201,22.535374973        L
C        26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631       L
C        25.079756231,12.9545921491,22.2751903325        L
C        24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214       L
C        24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816       L
C        25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336       L
H        27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637       L
中间略到好多原子
C        33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507       L
H        34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632       L
H        34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853       L
C        33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849       L
O        33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806       L
O        32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726       L

C H N O 0
6-31G**
****
Ir 0
LANL2DZ
****

Ir 0
LANL2DZ
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1楼 2020-06-21 14:58:44
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 04:18:06
非常感谢老师，我一定铭记于心！
chk文件已转换成fchk文件
fchk文件用GaussView打开，显示有问题，请问这是什么原因啊？

1592817157(1).jpg
...

这是因为你用的GV6.06版本去打开 G16 C.01 计算出来的fchk就会出现此类错误。原则上你应该用最新的GV6.11版本才可以正常打开。
但是这个问题不是没法抢救一下。
在这个弹出错误窗口后， 你需要点了ok之后选择用记事本打开这个文件。这时候就会定位到出错的那行。你会看到写着 MM Charges 的地方。这时候你需要把 最后的那个s删掉 然后记得一定要打一个空格代替那个s的位置， 也就是 把 MM charges 变成 MM charge   保存就可以了 然后再打开就可以了。
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11楼2020-06-22 20:37:46
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wzhsun

新虫 (小有名气)
个人觉得是你内存设的太小了

发自小木虫IOS客户端
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2楼2020-06-22 11:38:10
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paramecium86

版主 (著名写手)
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000  把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基态分子轨道的信息 并没有什么特殊之处

发自小木虫IOS客户端
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3楼2020-06-22 12:03:37
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youxx189

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大 比如说上G大小了 那转换一般会内存不够用导致出错。可以在环境变量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000  把内存调成可用4 GB应该就能解决问题。 TD计算chk文件中的分子轨道的信息就是基 ...

谢谢老师     我加了环境变量还是报错
[youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8  00002b4517b60ac0
   r9  00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206
   r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001
   r15 0000000000000000
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x453755]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445]
  formchk() [0x4509e9]
Aborted
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4楼2020-06-22 13:40:46
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