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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

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专业: 理论和计算化学

[交流] 一个Huckel分子轨道理论的计算软件（程序+源代码）已有4人参与

程序HMO，给出分子的坐标和电荷后，就可以对分子进行HMO计算，输出电荷密度，键级，和能量，还可以给出相应的分子数据图像，十分方便。特别适合结构化学教学。
二进制程序：Windows和Linux的程序可以从此下载：http://www.zhjun-sci.com/software-others.php
源代码：此程序全部源代码公开，可以在Github下载：https://github.com/ZhangJunQCC/H ... Orbital-Calculation

如对于二苯乙烯，输入文件如下styrene.inp：

引用回帖:

1.8 0
C                -3.33505854 -4.05509747 0.03172776
C                -1.93989854 -4.05509747 0.03172776
C                -1.24236054 -2.84734647 0.03172776
C                -1.94001454 -1.63883747 0.03052876
C                -3.33483954 -1.63891547 0.03004976
C                -4.03244054 -2.84712147 0.03104576
C                -1.16951047 -0.30544951 0.03044614
C                -1.84201131 0.87111682 0.02928423
C                -1.06360352 2.19990338 0.03203690
C                -1.75320092 3.41233984 0.03084857
C                0.33149892 2.19089168 0.03626174
C                -1.04780409 4.61603387 0.03357108
C                1.03679478 3.39425768 0.03850471
C                0.34687625 4.60719876 0.03679910

第一行的1.8，表示距离小于1.8 的两个原子都算成键；
第一行的0，表示原子的电荷为0.当然也可以是+1，-2 之类。
敲入一个简单的命令；

引用回帖:

hmo styrene.inp > styrene.out

就可以得到一个out文件，里面可以看到轨道、能级、键级等：

引用回帖:

MO Indices:             1             2             3
  Occupation:             2             2             2
Eigenvalues:    3.21050865    3.06407743    2.50466736
Energies:    a+2.21051b    a+2.06408b    a+1.50467b
         1    0.18305145    -0.25721905    0.36874498
         2    0.20231841    -0.26546002    0.27741927
         3    0.26417514    -0.29071098    0.04867874
         4    0.38164303    -0.33458996    -0.20417396
...
Bond orders:
         #          Bond order
      1-1          1.00000000
      1-2          0.65658339
      1-3          0.00000000
      1-4       -0.29424047
      1-5          0.00000000
      1-6          0.65658339
...
Atomic Properties:
         #    Electron Density          Pi Valence
         1          1.00000000          1.31316679
         2          1.00000000          1.33775485
         3          1.00000000          1.28257491
         4          1.00000000          1.63390015
         5          1.00000000          1.28257491

最后还得到一个文件叫做styrene.dot，它可以用Graphviz渲染成可视化的图像。只要安装了Graphviz，就可以调用如下的命令：

引用回帖:

sfdp styrene.dot -Tpdf -o styrene.pdf

就可以得到如下的图像：