有很多生物信息学软件可以做，比如lastz，mauve, mumer等等。。都是在linux下命令行进行操作的。如果是细菌基因组的话，也有一些在线比对的网站可以用。

比较两个物种基因组序列的话，最好还是用NCBI这种在线的服务器，本地PC估计吃不消，内容太大。打开https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome，勾选“Align two or more sequence”，在两个输入框输入两个基因组的ID就可以了

请问我只测出单向序列，因为时间问题没有再测互补序列，我需要去比对，但是为什么在Blast里面比对显示没有结果呢？是因为不是全序列吗？