让我猜一下，没测过蛋白，但可能是如下原因：
1.你所分析的蛋白，在乙腈中溶解性好，但在水中，可能会析出，在你现在的色谱条件下，使用时间长，肯定会堵柱。
建议接一个保护柱。
测试你的样品的溶解性，溶于水吗？
柱压高？真是柱的原因吗？取下柱子，看看柱压。
再说低流速的甲醇水，5% 也有点太低了吧？虽然你的柱可以用水冲，但还是有机相比例高些好点吧...

可以一个个模块拆，排除看看是连上哪个模块压力大。如果柱温箱柱子前接口不连接，压力正常，连上柱子（柱后未连未连接检测器）压力就大了这样就是柱子问题了 。

乙腈压缩系数小，纯乙腈当然压力小了，你比前后的压力应该是一个流动相比列，100%水和100%乙腈差别当然大了

一般已经过了0.45的膜了就不应该是样品堵了柱子，但是如果用这个比例洗脱一直有问题的话可以考虑换一下比例，还有，我认为你检查一下是不是有人用它做过别的，他们是不是有残留，我就遇到过在检测池那里出现残留的问题，用水就导致压力增高，换成邮寄溶剂压力就会正常，另外，你的压力单位是什么？
还有，如果压力还在正常范围内就不要太担心，能用就行呗。

柱子倒过来装着冲下试试。