高手们多发表些意见呀，

有复杂结构的好象直接测序测不出来

我常用直接测序，挺好用

PCR直接测序要看你纯化的好不好，或者你的产物纯不纯，如果有杂带就没办法测出来了，还有PCR产物测序或者回收产物测序引物的位置是测不出来准确结果的，而且这样测序有长度的限制，一般公司都是保证在600BP左右，而且两头的序列都不正确，如果序列在这600BP中间就可以选用这中测序方法，毕竟可以少做好多工作，克隆测序经过了菌落PCR等的检测后测序就一定可以测出正确的结果，结果有保证，但是需要你再进行大量的工作，如果还需要进行后续的实验就选这中测序方法测序。

片段太长，或者纯度不好的用直接测序效果不好。
即使得到了目标片段的序列是部分的，不是全长。

直接测序优点是：方便快捷，节省时间，避免了转化，克隆方面的繁琐步骤；
         缺点是：产物不稳定，送样还要附带冰盒，纯度要求高，回收纯化的产物需要达到一定的浓度才能测序，而且还要自己提供特异性引物，精确度也受一定影响；

  克隆测序的优点是：产物保存在菌体的质粒里面，稳定，可常温直接送菌液测序，无需提供特应性引物，而且测序的精确度较高；
    缺点是：步骤繁琐，包括制作高效的感受态细菌，连接，转化，克隆子阳性检测等，中间任何一个步骤都不能出现问题；
    在选择测序公司方面个人感觉：上海英骏公司PCR产物直接测序做的比较好，

我也正准备选上海英俊测,直接册产物,1500BP