直接测序需要你提供引物，而且引物序列是测不出来的。克隆后测序可以使用载体的通用引物，可以测出引物序列。

2楼的说得很正确

另外再加一个克隆测序的优点CR测序往往会有杂峰出现,这是PCR产物不纯和PCR时出现突变引起,而克隆了理论上就不会出现以上情况了。

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理论上PCR产物直接测序是很理想的——机器读数时由于正确的碱基占多数，PCR过程中产生的错误不足以影响某一碱基位点的正确阅读，而且免了克隆到大肠杆菌这一步工。
而克隆到大肠杆菌后，平板上的菌落都是单克隆子，也就是说PCR产生的错误克隆子也杂在其中。
但事实上克隆后再测序比直接测序成功率要高，究其原因，无非是胶上看着是一条带的，却经常是不同序列的混合物。，

我觉得直接测序很方便，一般情况下结果也不错。
不过是不是准确度或者精度不高呢？会不会影响发表文章的档次呢？

解释的挺好