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我的引物的退火温度?

作者 wuweina
来源: 小木虫 500 10 举报帖子
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上引CATGCCATGGCACATACTGTGTCGCCTGTGAAT
下引CCGCTCGAGGCGACCTTCGATTTCAACGATTGGCGTTAAAG
红色部分是我引物序列 ,其他的是保护碱基和酶切位点还有Xa识别位点,这么长引物的退火温度怎么算?
大家做PCR时退火温度有60 70度的吗?有很低的吗?想35到45度的? 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • xujian568

    按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。

  • asr

    很多软件都可以计算Tm值。
    另外,上下游引物的Tm值相差最好不超过2℃,长度相差最好不超过4bp.

  • asr

    以前用过一个在线计算Tm的软件,

    找到了,呵呵

    http://www.bbioo.com/bio101/2007/8794.htm

    [ Last edited by asr on 2007-12-6 at 18:58 ]

  • wuweina

    谢谢大家的关注!
    我再试试35~45度的退火温度,还是P不出来,我就推断是引物出问题了,生工合成长引物的出错率真够高的!气死我了,就合成三条引物,都错了两次了,这次还有一条可能还有问题!气人啊!

  • 随风而过

    用别的地方合成的吧,用Promega或Invitrogen合成的引物试试,都非常不错!

  • hmphoenix

    试试升温PCR把,也许好用

  • haono001

    引用回帖:
    Originally posted by wuweina at 2007-12-5 11:40:
    上引CATGCCATGGCACATACTGTGTCGCCTGTGAAT
    下引CCGCTCGAGGCGACCTTCGATTTCAACGATTGGCGTTAAAG
    红色部分是我引物序列 ,其他的是保护碱基 ...

    用60多应该没有问题的

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