我的引物的退火温度?
上引CATGCCATGGCACATACTGTGTCGCCTGTGAAT
下引CCGCTCGAGGCGACCTTCGATTTCAACGATTGGCGTTAAAG
红色部分是我引物序列 ,其他的是保护碱基和酶切位点还有Xa识别位点,这么长引物的退火温度怎么算?
大家做PCR时退火温度有60 70度的吗?有很低的吗?想35到45度的?
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上引CATGCCATGGCACATACTGTGTCGCCTGTGAAT
下引CCGCTCGAGGCGACCTTCGATTTCAACGATTGGCGTTAAAG
红色部分是我引物序列 ,其他的是保护碱基和酶切位点还有Xa识别位点,这么长引物的退火温度怎么算?
大家做PCR时退火温度有60 70度的吗?有很低的吗?想35到45度的?
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按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。
很多软件都可以计算Tm值。
另外,上下游引物的Tm值相差最好不超过2℃,长度相差最好不超过4bp.
以前用过一个在线计算Tm的软件,
找到了,呵呵
http://www.bbioo.com/bio101/2007/8794.htm
[ Last edited by asr on 2007-12-6 at 18:58 ]
谢谢大家的关注!
我再试试35~45度的退火温度,还是P不出来,我就推断是引物出问题了,生工合成长引物的出错率真够高的!气死我了,就合成三条引物,都错了两次了,这次还有一条可能还有问题!气人啊!
用别的地方合成的吧,用Promega或Invitrogen合成的引物试试,都非常不错!
试试升温PCR把,也许好用
用60多应该没有问题的
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