一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
不错的干货文章:一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场(部分内容截选,原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/ajNaOg1Rw94TrVmO6bJkbw)
数据库中全是lammps模型文件,需要使用下面的方法转成GROMACS所支持的文件。
方法如下:
1)首先要获取所需体系的car格式的文件。如果上诉数据库中有你所需而且尺寸一致的car,可以直接跳过这一步,执行下面一步。如果没有,则需要自己用MS建立一个(以建立石英为例):
①打开MS之后,可以导入你想要的晶体数据库,或者直接打开你的分子cif/pdb文件;
②修改尺寸、扩包、切面等,使之成为自己想要的结构;
③建立盒子、设置原子力场类型(pcff/cvff),若是晶体结构,得先去除周期性:
Run,运行结束后会建立一个盒子。
若盒子和分子不匹配,如下,不用管。后期生成gro去调整就行。
④保存为car文件;
⑤打开car文件,把所有原子类型修改为IFF力场支持的,比如SiO2中,Si叫sc4,O为oc23,对于自己的分子,可以打开数据库里面相似的car文件查看。
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