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利用细菌基因组框架图(草图)如何把细菌确定到种水平?

作者 简易灵兽
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
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测了几株细菌的基因组框架图(草图),如何利用这些数据把细菌确定到种水平?在NCBI上用不同的数据库进行Blast,结果不太一样。请专家指教一下,谢谢啦 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • zg14151

    这个需要系列的流程,先比较16S rRNA,再比较基因组,

  • 简易灵兽

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by zg14151 at 2018-12-22 13:58:49
    这个需要系列的流程,先比较16S rRNA,再比较基因组,

    请问可以加qq吗?

  • zg14151

    可以,

  • nanhu1984

    做平均核苷酸相似度(ANI)分析,如果ANI值与已知种的相似度高于95%,即可确定为同种!可以参考http://imedea.uib-csic.es/jspecies/about.html

  • 简易灵兽

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by nanhu1984 at 2018-12-23 15:03:28
    做平均核苷酸相似度(ANI)分析,如果ANI值与已知种的相似度高于95%,即可确定为同种!可以参考http://imedea.uib-csic.es/jspecies/about.html

    好的,谢谢啦

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