请问各位老师,使用AmberTools14软件跑动力学,蛋白有473个残基,加上水盒后有91654个原子,sander.MPI加速,32个核并行,感觉跑的特别慢,一天只能跑约1.5ns,请问这样的速度正常么?如果不正常,是我安装还是什么地方出了问题? 返回小木虫查看更多
有点慢,似乎还算正常吧
sander就是比较慢,Amber的pmemd用gpu就比较快了
水盒子加小点,473个残基水加出来30000个原子就差不多了
感谢各位的回复~ 大概明白了,sander模块运行就是比较慢,我们一段时间内不会购买AMBER软件,我试着减小下水盒,或者换用其它软件。 祝大家科研顺利,
有点慢,似乎还算正常吧
sander就是比较慢,Amber的pmemd用gpu就比较快了
水盒子加小点,473个残基水加出来30000个原子就差不多了
感谢各位的回复~
大概明白了,sander模块运行就是比较慢,我们一段时间内不会购买AMBER软件,我试着减小下水盒,或者换用其它软件。
祝大家科研顺利,