各位同仁,之前发过帖子,但是没得到满意答案,再次求助。本人想从土壤宏基因组中PCR扩增一个基因,片段较长700-1000bp,二代测序又不能测通,三代测序太贵,经费有限。文献中使用454焦磷酸测序,但是好多公司都已经停用,想知道还有什么单位在使用一代测序,或者请教有没有其他的策略可以解决这个问题。 返回小木虫查看更多
扩1kb的基因,直接找公司用未知样品的denovo测序就可以做,而且很便宜。你直接设计好引物,建议多设计几对,差个几个bp。然后PCR完的产物,交给公司,告之是PCR产物,混合模板,denovo测序,然后咨询下要求就好了。应该不难,跟16S差不多,区别是,你这个是需要构建体系的。最好多提供几种目标基因的全序列类型做参考
兼并'碱基不影响,不过你目标基因序列必须要知道,不可能没有的,找出来
扩1kb的基因,直接找公司用未知样品的denovo测序就可以做,而且很便宜。你直接设计好引物,建议多设计几对,差个几个bp。然后PCR完的产物,交给公司,告之是PCR产物,混合模板,denovo测序,然后咨询下要求就好了。应该不难,跟16S差不多,区别是,你这个是需要构建体系的。最好多提供几种目标基因的全序列类型做参考
刚接触这块,不是太懂,不过非常感谢您的解答。我要扩增的三个基因都是简并性引物扩增的,不知道序列,引物也是文献中查到的,也可以用您说的方法去做吗
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兼并'碱基不影响,不过你目标基因序列必须要知道,不可能没有的,找出来